: חקירת רצח עובדת בלובר מגלה סודות רבים הקשורים למרי מגדלנה.
בשעה מאוחרת בלובר נרצח האוצר ז'אק סאונייר, שגופתו מבולבלת על ידי סימנים מוזרים. במשטרה מאמינים כי הקורבן נהרג כך. הרוצח שלו, סילאס, מתקשר למורה מסוים ומדווח כי ארבעת האנשים שסיפרו לו אותו מידע לפני מותו הוסרו. אחווה מסוימת יצרה את אבן הפינה עליה היא מקודדת בשלטים, שם נשמר הסוד של אחווה זו. כל ארבעת ההרוגים הראו כי הכרטיס נמצא בכנסיית פריז סן-סולפיס. המורה צריך בדחיפות לקבל את הכרטיס הזה.
המשטרה מבקשת עזרה מרוברט לנגדון, פרופסור לסמליות דתית באוניברסיטת הרווארד. מעולם לא הכיר את לנגדון לפני כן, קבע סאוניר פגישה עם הפרופסור שהגיע לפריז יום קודם.
הבישוף ארינגרוסה, אב-יו"ר האחווה של אופוס דיי, טס מניו יורק לרומא. לאחרונה, קבוצה מיוחדת עוקבת אחר האחווה, מכיוון שחלק מחבריה נראו במעשים בלתי ראויים, אך האחווה נמצאת בחסות הוותיקן. לאחרונה הותקפו כמה מחברי האחווה. ארינגרוסה מקבל את הבשורה כי סילאס מצא את אבן הפינה.
לנגדון מובא ללובר בזירת הפשע. לפי המשטרה, סאונייר היה במשרדו כשהותקף. הוא רץ ליציע והדליק את האזעקה, קורע את התמונה מהקיר. הכניסה לגלריה נחסמה על ידי חבלה יורדת והרוצח ירה באוצרה דרכה. סאוניר זחל מרחק רב למדי ומת. השוטרים מצאו אותו עירום, שוכב על גבו כשזרועותיו ורגליו מושטות. במרכז הבטן נמשך כוכב חמש מחודד - מחומש. בחשכה נראו אותיות ומספרים סגולים ליד הגופה. הרוצח נעלם ללא עקבות.
אחותו של כנסיית סנט סולפיס סנדרין פוגשת את נציג אופוס דאי שהגיע לפריס.
מנסה לפענח את מה שנכתב, לנגדון מגיע למסקנה כי סאוניר העתיק את תנוחתו המפורסמת של לאונרדו דה וינצ'י "האיש הוויטראבי".
החוקר הראשי, סרן בזו פאצ'ה, מעביר את התמונות עם שלטים למחלקת הקריפטוגרפיה, והקריפטוגרפית סופי נובה ממשטרת השיפוט מגיעה לזירת הפשע. היא מודיעה ללנגדון שהוא בסכנה.
ארינגרוסה נפגש עם סילאס, שאליו הציל פעם את חייו, ועם המורה.
סופי אומרת לפאצ'ה שקבוצת מספרים היא רצף פיבונאצ'י. בשיפור הרגע היא נפגשת באופן פרטי עם לנגדון ואומרת לו שהוא החשוד ברצח הראשון, ולכן הונח בכיסו משואת מעקב מיוחדת. בנוסף לסימנים הסודיים שנכתבו בסמוך לגופה, הייתה כתובת שמחה פאצ'ה: סאוניר ביקש למצוא את לנגדון. הכתובת לא נועדה למשטרה, אלא לה, מכיוון שהיא נכדתו של סאונייר.
סופי נותרה יתומה בארבע. הוריה, סבתה ואחיה הצעיר מתו בתאונת דרכים, וסבה גידל את הילדה. לפני עשר שנים, כשחזרה הביתה ללא אזהרה, היא מצאה את סבא שלה בחברת אנשים מוזרים שסוגדים לחפץ כלשהו ומבצעים טקסים מוזרים. סופי נפרד ממנו. מאז הם לא התראו, אם כי סבה ביקש ממנה להיפגש.
בעזרת סופי, לנגדון מצליח לברוח מהלובר. לאחר שקרא בעיון את הערך בזה, מסכם לנגדון כי מדובר באגרמה למילים "לאונרדו דה וינצ'י מונה ליזה", ורצף פיבונאצ'י הוא צופן.
סופי נותרה לבדה בלובר. היא רוצה למצוא את "מונה ליזה" ולגלות איזה סוג מסר מסתורי השאיר.
סילאס מגיע לכנסיית סן-סולפיצה. הוא מבקש מהאחות סנדרין להשאיר אותו לבדו להתפלל. מסתתרת, האחות סנדרין מתבוננת בו.
סופי מגיעה לזירת הפשע.לנגדון לא בורח, אלא חוזר אליה. מתוך מחשבה, הוא מגיע למסקנה כי הכתובת לצד המנוח הוצפנה עם סמל החברה הסודית שראתה פעם סופי עם סבה. לאחר שבחנו את הזכוכית בציור "מונה ליזה", הם רואים את הכתובת בדם - אחד העקרונות הבסיסיים של האחווה.
סופי בוחנת ציור נוסף של לאונרדו דה וינצ'י "מדונה במערה". שם היא מוצאת מפתח בצורת יוצא דופן, שראתה פעם בילדותו של סבה, ואמורה לפתוח ארגז עם סודות רבים. במפתח הם רואים את הכתובת.
לנגדון נעצר על ידי סוכן האבטחה בלובר, אך סופי מצילה אותו.
סילאס, מתוך מחשבה שהוא לבד בכנסייה, שולף תנ"ך מהמטמון כדי לגלות היכן נמצאת אבן הפינה. האחות סנדרין מתקשרת לחברי האחווה המחוברים ומגלה שכולם נהרגים.
סופי ולנגדון בורחים מהמשטרה. לנגדון מדבר על אחוות "פריוריון ציון", שהחותמתה מסמנת את המפתח. הטמפלרים העבירו לאחריות מסמכים חשאיים חשובים שהובאו מירושלים לאירופה, בהם הם מדברים על הגביע הקדוש.
סילאס לא מוצאת כלום, הורג את האחות סנדרין.
ארינגרוסה מקבל סכום גדול מהוותיקן.
הכתובת המצוינת במפתח היא בנק שוויצרי. סופי ולנגדון מוצאים כספת, אך אינם יודעים את מספר החשבון. נשיא סניף הבנק, אנדרה, יודע שהם חשודים ברצח, תמונותיהם כבר הופצו על ידי אינטרפול. סופי מספרת לו מה קרה. השוטרים העוקבים אחריהם מגיעים לבנק. ברן מסכים לעזור להסתיר, הוא לא זקוק לבעיות בבנק, וסוניאר היה חברו. לנגדון נזכר בכתובת ליד גופת המנוח - זהו מספר החשבון.
בכספת יש קופסה עם סמל "פריוריות ציון" על המכסה. לוקח את הקופסה איתו, ברן מוציא את הנמלטים מהבנק מבלי לשים לב.
סילאס חוזר בתשובה למורה שהוא לא השלים את המשימה, אך הוא מרגיע אותו: הוא יודע למי העביר סאוניר את המידע.
בתוך הארון נמצא קריפטקס, צילינדר עם דיסקים. קריפטקס המציא את לאונרדו דה וינצ'י, אך סאוניר אהב לגלף דברים כאלה מעץ. לאחר שחשבה וסופי על הטקס שראתה בילדותה, למדה לנגדון כי סאונייר היה אחד החברים הגבוהים בחברה שהופקדה על הסוד, והקריפטקס מציין היכן ממוקם הגביע. חייבים להיות עוד שלושה אנשים שהיו חשובים לסוד, ככל הנראה סאוניר חש סכנה מסוימת אם הוא רוצה להפקיד את הסוד לנכדתו ואותו.
כששמע ברדיו כי סופי ולנגדון מואשמים בהריגתם של שלושה אנשים נוספים, ברן דורש שיחזירו את מה שסוניאר הפקיד עליו לשמור. סופי ולנגדון בורחים, משאירים את ברן לבדם ביער. לנגדון מבין שבוגד נכנס לאחווה. הוא מחליט לפנות למדען מצטיין, לוב תיאבינג, שלומד את הגביע. Teabing יתעניין בקריטפקס ולא ייתן אותם למשטרה.
לאחר האזנה לסופי ולנגדון, תיאינג מראה להם את תמונת "הסעודה האחרונה" של לאונרדו דה וינצ'י. לכל אחד משלושה עשר המשתתפים בארוחת הערב יש כוס משלו, אך התנ"ך ואגדות אחרות מאמינים כי הגביע הקדוש הופיע כאן. Teabing מאמין שהגביע אינו חפץ, אלא גבר ואישה, מכיוון שסמל הנשי הוא כלי. אישה זו מתוארת בתמונה, והיא מרי מגדלנה.
על פי מסמכים שונים ומגילות ים המלח העתיקות, היו קשרים רומנטיים בין ישו למרי מגדלנה, הם היו בני זוג. הדם בגביע הוא ילדו של ישו שלובש מרי מגדלנה. הכנסייה הסתירה עובדה זו והכריזה על מרי מגדלנה כזונה, מה שלא היה נכון.
כדי להציל את הילד, מרי ברחה לצרפת וילדה את שרה ילדה. מסמכים על חיי ישו, מרי ושרה הוסתרו ונמצאו על ידי הטמפלרים. החיפוש אחר הגביע הקדוש הוא חיפוש אחר קברה של מרי מגדלנה.
חמולת ישו התפתחה, התחברה עם שבט המלכים הצרפתים והקימה את פריז.
משרתו של Teabing, רמי, מודיע למשכיר כי לנגדון וסופי מבוקשים על ידי המשטרה.כדי שטייבינג לא יסגיר אותם לרשויות, לנגדון מראה לו את הכריפטקס. את זה רואים סילאס שמתגנב מתחת לחלונו. בינתיים, שוטרים נוסעים לביתו של טייבינג.
לאחר הרהור, Teabing, סופי ולנגדון הגיעו למסקנה שסאונייר העביר את סוד האחווה של סופי, מכיוון שהאחרים שהכירו אותה נהרגו. הרוצח חייב להישלח על ידי הכנסייה.
Teabing חוקר את הקריפטקס ואילו לנגדון בחדר השני בודק את הארון. בתוכה הוא מוצא פיסת עץ עם כתובת בשפה שאינה מוכרת לו, אך כאן מכה אותו סילאס בחלק האחורי של הראש. מאיים את סופי ונקיע תה עם אקדח, ודורש סילס לתת לו את הכריפטקס. קינג תה מכה ממנו אקדח.
המשטרה ממהרת לביתה של תיאינג, אך תה, רמי, סופי ולנדוקס לוקחים את סילאס ומצליחים לברוח. לנגדון לא ברור איך סילאס יכלה למצוא אותם.
Teabing מציע לכולם לטוס לאנגליה במטוסו. לאחר מחשבה על הקריפטקס, הנמלטים מחליטים שצריך למצוא את קבר הטמפלרים, והמילה המוצפנת היא סופיה. בקריפטקס נמצא קריפטקס נוסף, יחד עם פתק בו כתוב שצריך למצוא את קברו של האביר שנקבר על ידי האפיפיור בלונדון ולקחת את הכדור לשם.
לאחר ששמע את החדשות, ארינגרוסה מבין במה הוא מעורב בסילאס ומחליט לטוס ללונדון.
לאחר שהערים את המשטרה האנגלית, טיובינג יחד עם לנגדון, סופי, רמי וסילאס הולכים לקבר האביר בכנסייה בה קבורים הטמפלרים. בזמן שתיית תה עם סופי ולנגדון נמצאים בכנסייה, רמי, העובד אצל המורה ומצפה לקבל סכום גדול, משחרר את סילאס. סילאס מתפרץ לכנסייה באקדח בדרישה לתת לו את אבן הפינה. לנגדון מאיים לשבור את הקריפטקס. ואז רמי מניח את האקדח למקדש של טייבינג, ולנגדון מחזיר את הכריפטקס. רמי מסלק את טייבינג ומשחרר את סופי עם לנגדון.
בביתו של טייבינג המשטרה פשיטה. מסתבר שמשרתו רמי היה מעורב בעבר בגניבות קטנוניות. המשטרה גם מגלה מערכת האזנה לאנשים.
סופי מדווחת למשטרה על חטיפתו של Teabing. קפטן פאשה מדבר איתה מצרפת. הוא מתנצל על ההאשמות ורוצה להיפגש עם הנמלטים.
המורה מתקשר לסילאס ומבקש מרמי להביא לו אבן במעון אופוס דיי.
במרכז המחקר לספריה המלכותית, סופי פוגשת את לנגדון עם הספרנית פמלה גטי.
סילאס משאירה את רמי עם קשירת התה הנלווית ברכב ומגיעה למעון. מורה מגיע לרכב, שאיש לא ראה לפני כן. הוא הורג את רמי על ידי לקיחת המבחן.
פמלה חוקר את המסמכים ומגיע למסקנה כי האביר הוא אייזק ניוטון, האדון הגדול של אבירי ציון, שקילל את הכנסייה. ניוטון נקבר במנזר ווסטמינסטר על ידי הפילוסוף אלכסנדר פופ, ששמו והמילה "פאפא" מאויתים זהים.
סילאס נעצר במעון אופוס דיי. במהלך המעצר הוא מעניק התנגדות ופוגע בטעות בישוף ארנגארוס.
סופי ולנגדון, דואגים לטיבינג, מגיעים לקבר ניוטון. הם נראים על ידי אדון מוסתר. סופי ולנגדון רואים כתובת על מצבה המספרת היכן ממוקם שזירת התה.
במקום המצוין הם מוצאים את אקדחו של טייבינג מכוון לעברם. זהו המורה שארגן את ההתנקשות בסאונייר, משפחת סופי ואנשים אחרים כך שאיש לא יידע את סוד הגביע. Teabing העלה שיחה עם רמי וסילאס והערים אותם. עכשיו הוא רוצה להשתלט על סוד הקריפטקס.
סילאס גורר בישוף פצוע שיעזור לו. לפני מספר חודשים הוצע לארינגרוס כי האופוס דאי ייצא ממשמורת הוותיקן. כאשר הבישוף סירב, הוא נקרא על ידי מורה מסוים והוצע לו לסייע בחיפוש אחר שריד קדוש. הבישוף מתחרט על כך שהוא ציווה על סילאס לציית למאסטר.
טייבינג ולנגדון מנסים להערים זה על זה, להבין מה המשמעות של הכדור בקבר - תפוח. אבל אז המשטרה עוצרת את טייבינג.
סילאס מת מפצעיו.
לנגדון וסופי מגיעים לסקוטלנד, לכנסייה, וזה מציין את הכניסה האחרונה בקריפטקס.שם הם פוגשים אישה שיש לה את אותה קופסה בדיוק. האישה מתגלה כסבתא של סופי, שחיה שנים רבות תחת שם אחר. אחיה הצעיר של סופי מתגורר עם סבתה. סבתא ואח לא נסעו אז ברכב ואחרי מה שקרה נאלצו להסתתר.
סופי רכשה משפחה, ולנגדון חייבת לעזוב. הם מסכימים להיפגש בקרוב בפירנצה.