למשפחת דארלינג שלושה ילדים במזג האוויר. הבכור הוא וונדי, ואז מגיע ג'ון, ואז מייקל. יש להם מטפלת לא שגרתית - כלב צולל שחור גדול בשם ננה. ערב אחד, כשנכנסת לחדר השינה עם הילדים שכבר במיטה, גברת דרלינג רואה ילד טס לחלון, ואחריו - נקודה זוהרת ומוזרה. היא צורחת בהפתעה, נאן רץ לצרוח. הילד מצליח לרפרף מהחלון, אך בשיניו של ננה הצל שלו נשאר! גברת דרלינג מגלגלת אותה ומכניסה אותה אל שידה.
כמה ימים אחר כך גברת ומר דרלינג הולכים לבקר. ממהר, מתנגש מר דרלינג עם ננה, ועל מכנסיו - זו הבעיה! - המעיל נשאר. מר דרלינג בועט את ננה לחצר ומניח אותה על שרשרת. ברגע שההורים עוזבים את הבית, אור קטן עובר לילדים - זו פיית טינקרבל, היא מחפשת צל. בעקבותיה מופיע פיטר פן. בשלט של טינקר בל (פיה לא יכולה לדבר, היא משמיעה צלצול מלודי) פיטר מוצא צל ומנסה לחבר אותו בחזרה, אבל שום דבר לא יוצא. פיטר מתחיל לבכות, והתייפחותיו מעירות את ונדי. לאחר שנודע מה קורה, וונדי תופרת צל על עקבי פיטר. זה קצת כואב, אבל הוא סובל. כשהוא מרגיש אמון בוונדי, פיטר מספר לה על עצמו: הוא ברח מהבית והחליט לעולם לא להיות מבוגר.הוא מתגורר באי נתנבווד עם הנערים האבודים ("כשילד נופל מהעגלה הוא נוסע למדינת נתנבד"). יחד עם זאת, מתברר משהו בפיות: מסתבר שהפיות נולדות מצחוק של ילדים ולכל ילד יש את הפיה שלו. אבל ברגע שמישהו חושב "טיפש, אין פיות בעולם" - והפיה מתה.
לאחר שנודע שננדי יודעת לספר סיפורים, פיטר מתקשר לננדי לאי ("אני אלמד אותך לעוף, ואנחנו נטוס יחד") כך שהיא תספר אגדות והיא אמם של כל הנערים האבודים. ונדי מהססת, אך עדיין מסכימה. ג'ון ומייקל טסים איתה.
תושבי האי מתכוננים להיפגש עם פיטר. הבנים מחפשים מקום בו פיטר נוחת. שודדי ים, בראשות הקפטן ג'יז הוק, מחפשים בנים, עור אדום (מנהיגם הוא הפנתר הקטן הגדול) מחפשים שודדי ים, וחיות בר מחפשות עורות אדומים כדי לאכול אותם.
בציפייה לבואו של ונדי, מופיעה הפיה טינקרבל. היא (מתוך קנאה!) מטעם פיטר מצווה על הבנים לירות בוונדי בקשת. אין להם סיבה לפקפק, ואחד מהם יורה. ונדי נופלת על האדמה ושוכבת מתה. אך היא לא מתה, היא ניצלה על ידי בלוט שנמצא תלוי על צווארה, מתנה מפיטר פן, וחץ פילח אותו. אבל ונדי מאוד חלשה, וכל הבנים, בראשות פיטר המתקרב, בונים לה בית, מקימים אותו ממש סביבה. הבית מתגלה די טוב. ונדי עוסקת ברצינות בתפקידיה: היא מבשלת, מוחקת, מעלימה, וכמובן, מספרת אגדות.
פיראטים לא משאירים את הבנים לבד. קפטן הוק - שמו היה מאז שפיטר כרת את ידו, ובמקום זה היה צריך לתקן את וו הברזל - פיטר לא יכול לסלוח על זה, במיוחד מכיוון שהתנין בלע את ידו עד כדי כך שהוא כל כך מצא חן בעיניו שהוא מצוד את הוק טוב שתוכל לשמוע את זה על ידי מתקתק של שעון היד של הקברניט, שלא הפסיק ללכת בבטנו של התנין. הקברניט מעלה את הרעיון לאפות את העוגה המורעלת כדי שהנערים ימותו, אך הוא לא מצליח להשיג דבר בדרך זו - ונדי לא מאפשר להם לאכול ממתקים, והעוגה נשארת בבטחה באחו עד שהקברניט מעד על זה בחושך ונופל על האדמה. יום אחד, הפיראטים רוצים לקשור את נסיכת לילי הנסיכה ההודית לסלע בלגונה כדי להציף אותה בגאות. פיטר פן מצליח להונות את הפיראטים בכך שהוא מורה להם (לפי הקול של קפטן הוק) לשחרר אותה. ואז פיטר צריך להילחם עם הוק, והוא פצע אותו. פיטר מציל את הציפור.
ערב אחד, וונדי מספרת לנערים את האגדה האהובה עליהם - כיצד חיו ג'נטלמן וגברת אחת, שם יום אחד הילדים טסו לאי נתינבד. ואיך הם תמיד שמרו את החלון פתוח כדי שהילדים יוכלו לטוס הביתה.
פיטר מתנגד לוונדי: הוא גם חשב על אמהות כאלה בעבר, ולכן הוא לא מיהר לחזור. וכשהגיע, החלון היה סגור, וילד אחר ישן במיטתו.
ואז ג'ון ומייקל, האחים ונדי, מבינים שהם צריכים למהר הביתה.ונדי מתקשרת גם עם שאר הבנים, בטוחה שהוריה ללא ספק יאמצו אותם. כולם מסכימים, פרט לפיטר פן, שלא רוצה להיות גדול. פיטר מבקש מההודים לראות את ונדי ואת הבנים, אך הפיראטים מתערבים שוב. הם מצליחים להביס את ההודים בדרכים לא ישרות וללכוד את ונדי ואת הבנים. פיטר לומד על כך מטינקר בל וממהר להצלה. בין פיטר פן לקפטן הוק יש קרב מכריע. הפיראטים מובסים. הבנים וונדי טסים הביתה.
בינתיים, בלונדון, גברת ומר דרלינג ממשיכים לחכות לילדים ולעולם לא סוגרים את חלונות חדר הילדים. ומר דרלינג לא יכול לסלוח לעצמו על כך שלא בעט את נאנו מהבית באותו ערב נורא והניח אותה על שרשרת. לכן, הוא נדר עד שהילדים חזרו להתגורר בבית כלבים, הוא נלקח לעבוד בו והובא הביתה מהעבודה. גברת דרלינג מתיישבת ליד הפסנתר ומתחילה לנגן. ברגע זה מגיעים פיטר וטינקר בל. הם סוגרים את החלון כך שוונדי מחליטה שאמא כבר לא מחכה לה ולא אוהבת אותה, והיא תחזור עם פיטר לאי. אבל יש עצב גדול בצלילי המוזיקה, ופיטר פותח שוב את החלון. ונדי, ג'ון ומייקל עפים בחלון ועולים למיטותיהם. אמא מגלה אותם, קוראת לאביה, וגם ננה רצה לחדר. כולן שמחות. והבנים מחכים למטה, ואילו ונדי מספרת להוריהם עליהם. לאחר שספרו לחמשת אלפים הם נכנסים לבית ומתיישרים מול גברת דארלינג. כמובן שגברת וגם מר דרלינג החליטו לאמץ אותם! פיטר טס שוב לאי. הוא מבטיח לנדי לטוס בשנה הבאה, אבל שוכח מזה.וכשפיטר מופיע שוב, ונדי כבר נשואה ויש לה בת קטנה ג'יין.
כשהוא מבחין בשינויים, פיטר מתקשר איתו לוונדי, אך היא מסרבת באנחה, מכיוון שהיא כבר מבוגרת. ונדי עוזבת את החדר כדי להירגע, ופיטר פן יושב על הרצפה ובוכה. התייפחות שלו מעירה את ג'יין.
והכל חוזר שוב.
כשג'יין תגדל, בתה מרגרט נולדת, ועכשיו מרגרט טסה עם פיטר פן לאי נתינבד ... וזה יימשך עד שהילדים יפסיקו להיות כל כך עליזים, בלתי מובנים וחסרי לב.
