מרץ 1865. בארצות הברית, במהלך מלחמת האזרחים, חמישה נועזים-צפונים בורחים מכדור פורח מדרום ריצ'מונד. סערה איומה משליכה ארבעה מהם לחופו של אי לא מיושב בחצי הכדור הדרומי. האיש החמישי וכלבו מתחבאים בים מול החוף. החמישי הזה - סייר סמית 'מסוים, מהנדס ומדען מוכשר, נשמה ומנהיג ניתוק מטיילים - שומר על חבריו במתח ללא ידיעה במשך מספר ימים, בשום מקום לא יכול למצוא אותו או את הכלב טופ המוקדש לו. העבד לשעבר סובל יותר מכל, ומשרתו הנאמן של סמית הוא הכושי נאב. בבלון היו גם עיתונאי מלחמה וחברו של סמית ', גדעון ספילט, אדם מאוד אנרגטי ונחרץ עם מוח רועד; הספן פנקרוף, ערעז נלהב והרפתקני; הרברט בראון בן החמש עשרה, בנו של רב החובל של הספינה שעליה הפליג פנקרוף, נותר יתום, ואליו מתייחס המלח עד לבנו. לאחר חיפוש מעייף, נאב סוף סוף מוצא את המארח שהציל אותו ללא הסבר, קילומטר מהחוף. לכל אחד מהמתיישבים החדשים באי כשרונות בלתי ניתנים להחלפה, ובהנהגתם של סייר וספילט, האנשים האמיצים הללו מתכנסים והופכים לצוות מאוחד. ראשית, בעזרת האמצעים הפשוטים ביותר הקיימים, ואז מייצרים במפעלים הקטנים שלהם יותר ויותר חפצים מורכבים של עבודה ומוצרי בית, מתיישבים מתנחלים את חייהם. הם צדים, אוספים צמחים אכילים, צדפות ואז אפילו מגדלים בעלי חיים ביתיים ועוסקים בחקלאות. הם מסדרים לעצמם דיור גבוה בסלע, במערה המשוחררת מהמים. עד מהרה, בזכות החרצות והאינטליגנציה שלהם, המתיישבים כבר לא יודעים מה הצורך באוכל, לבוש, חום ונוחות. יש להם הכל פרט לחדשות על מולדתם, אשר גורלם דואג להם מאוד.

פעם אחת, כשחזרו למגוריהם, שנקראו על ידים ארמון הגרניט, הם רואים שקופים מתבוננים בפנים. לאחר זמן מה, כאילו בהשפעת פחד מטורף, הקופים מתחילים לקפוץ מהחלונות, וידו של מישהו זורקת את סולם החבלים שהקופים הרימו לבית. בפנים אנשים מוצאים קוף אחר - אורנגאוטן, אותו הם שומרים ומכנים את הדוד יופה. בעתיד הופך יופה לחבר, משרת ועוזר חיוני לאנשים.

ביום אחר, מתיישבים מוצאים בחול ארגז עם כלים, כלי נשק, מכשירים שונים, בגדים, כלי מטבח וספרים באנגלית. מתנחלים תוהים מאיפה התיבה הזו יכולה להגיע. מהמפה, שהופיעה גם בקופסה, הם מגלים שלצד האי שלהם, במפה שלא מסומנת, נמצא האי תבור. המלך פנקרוף להוט ללכת אליו. בעזרת חבריו הוא בונה בוט. כשהבוט מוכן, כולם ביחד יוצאים אליו למסע מבחן ברחבי האי. במהלכו הם מוצאים בקבוק עם פתק בו נכתב כי הרס הספינה מחכה לישועה באי תבור. אירוע זה מחזק את אמוןו של פנקרוף בביקור באי שכן. פנקרוף, העיתונאית גדעון ספילט והרברט הפליגו. כשהם מגיעים לתבור הם מגלים צריף קטן שבו, לכל הסימנים, איש אינו חי מזה זמן רב. הם מתפזרים ברחבי האי, לא מקווים לראות אדם חי, ומנסים למצוא לפחות את שרידיו. לפתע הם שומעים את הרברט צורח וממהרים לעזרתו. הם רואים את הרברט נאבק בסוג של יצור מגודל קופים. עם זאת, הקוף מתגלה כאדם פראי. מטיילים קושרים אותו ומובילים אותו לאי שלהם. הם נותנים לו חדר נפרד בארמון הגרניט. בזכות תשומת לבם ודאגותיהם, הפראי הופך במהרה לאיש תרבותי ומספר להם את סיפורו. מסתבר ששמו איירטון, הוא עבריין לשעבר, הוא רצה להשתלט על ספינת השיט של דאנקן ובעזרת אותם חבלי חברה הפך לספינת פיראטים. עם זאת, תוכניותיו לא נועדו להתגשם, וכעונש לפני שתים-עשרה שנים הוא נותר באי התבור הבלתי מיושב, כדי לממש את מעשהו וכפר על חטאו. עם זאת, הבעלים של "דאנקן" אדוארד גלנארוואן אמר שיום אחד הוא יחזור לאיירטון. המתנחלים רואים שאירטון חוזר בתשובה על חטאי העבר שלו, והוא מנסה להועיל להם מכל הבחינות. לפיכך, הם אינם נוטים לשפוט אותו על התנהגות בלתי הולמת בעבר ומקבלים אותו ברצון בחברתם. עם זאת, איירטון זקוק לזמן, ולכן הוא מבקש הזדמנות לחיות באלמוגים שבנו המתיישבים עבור בעלי החיים שלהם מבויתים במרחק מה מארמון הגרניט.

כאשר הבוט חזר לסערה מאי התבור בלילה, הוא ניצל על ידי מדורה, שכפי שחשבו, אלה שהפליגו עליו, הציתו את חבריהם. עם זאת, מסתבר שהם לא היו מעורבים בכך. מסתבר גם שאירטון לא השליך בקבוק פתק לים. מתנחלים אינם יכולים להסביר את האירועים המסתוריים הללו. הם נוטים יותר ויותר לרעיון שבנוסף להם, באי לינקולן, כאשר הכתירו אותו, יש מישהו אחר שחי, המיטיב המסתורי שלהם, שלעתים קרובות עוזר להם במצבים הקשים ביותר. הם אפילו יוצאים למסע חיפוש בתקווה לאתר את מקום מגוריו. עם זאת, החיפוש מסתיים ללא הועיל.

בקיץ הבא (שכן מאז התקופה של איירטון באי שלהם, ולפני שסיפר להם את סיפורו, כבר חלפו חמישה חודשים והקיץ נגמר, ומסוכן להפליג בעונה הקרה), הם מחליטים לחזור ל איי תבור להשאיר פתק בצריף. בפתק, הם מתכוונים להזהיר את סרן גלנארוון אם יחזור שאירטון וחמישה קורבנות הרוסים אחרים מחכים לעזרה באי סמוך.

מתנחלים גרים באי שלהם במשך שלוש שנים. חייהם, כלכלתם הגיעו לשגשוג. הם כבר קוצרים גידולי חיטה עשירים שגדלו מגרגר בודד, שנמצא בכיסו של הרברט לפני שלוש שנים, בנו טחנה, גידלו עופות, ציידו את מגוריהם לחלוטין, ייצרו לעצמם בגדים חמים ושמיכות מצמר מופלון. עם זאת, על חייהם השלווים מאפיל על ידי אירוע אחד המאיים עליהם מוות. פעם אחת, כשהם מסתכלים על הים, הם רואים מרחוק ספינה מצוידת היטב, אך דגל שחור מתנופף מעל הספינה. הספינה עוגנת מול החוף. זה מראה תותחים יפים ארוכי טווח. איירטון מתגנב לספינה בחסות הלילה כדי לבצע סיור. מסתבר שיש חמישים שודדי ים בספינה. באורח פלא מתרחק מהם, איירטון חוזר לחוף ומודיע לחבריו שהם צריכים להתכונן לקרב. למחרת בבוקר יורדות מהספינה שתי סירות. בראשון, המתנחלים יורים בשלושה, והיא חוזרת, השנייה נוחתת על החוף, וששת הפיראטים הנותרים על מחבואה ביער. התותחים נחרכים מהספינה והיא מתקרבת עוד יותר לחוף. נראה כי לשום דבר אין הכוח להציל קומץ מתנחלים. לפתע גל עצום מתנפץ מתחת לספינה, והוא שוקע. כל הפיראטים עליו מתים. כפי שמתברר אחר כך, הספינה פוצצה על ידי מכרה, ואירוע זה משכנע לבסוף את תושבי האי שהם לא לבד כאן.

בהתחלה, הם לא מתכוונים להשמיד את הפיראטים, ורוצים לתת להם את האפשרות לנהל חיים שלווים. אך מסתבר שהשודדים אינם מסוגלים לכך. הם מתחילים לשדוד ולשרוף את משקי הבית של המתנחלים. איירטון הולך לאלמוגים לבקר את בעלי החיים. פיראטים תופסים אותו ולוקחים אותו למערה, שם הם רוצים לענות אותו להסכים ללכת לצד שלהם בעינויים. איירטון לא מוותר. חבריו עוזרים לעזרתו, אך נפצעים קשה באלמוגו של הרברט, וחבריו נותרו בו ללא יכולת לחזור עם הצעיר שמת. לאחר מספר ימים הם עדיין יוצאים לארמון הגרניט. כתוצאה מהמעבר, הרברט מתחיל חום ממאיר, הוא נמצא במוות. שוב, ההשגחה מתערבת בחייהם וידם של חברם המסתורי הטוב זורק להם את התרופה הדרושה. הרברט מתאושש לחלוטין. המתנחלים מתכוונים להעביר את המכה האחרונה לפיראטים. הם הולכים אל האלמוגים, שם הם מתכוונים למצוא אותם, אך מוצאים את איירטון, המותש ובקושי חי, ובסביבתו, גוויות השודדים. איירטון מדווח כי אינו יודע כיצד הגיע בסופו של דבר באלמוג, שהביא אותו מהמערה והרג את הפיראטים. עם זאת, הוא מדווח על חדשות עצובות. לפני כשבוע השודדים יצאו לים, אך מבלי שידעו כיצד לשלוט בבוט, שברו אותו בשוניות החוף. יש לדחות את הנסיעה לתבור עד לבניית רכב חדש. במהלך שבעת החודשים הבאים הזר המסתורי לא מורגש. בינתיים, הר געש מתעורר באי, שלדעת הקולוניסטים כבר מת. הם בונים ספינה גדולה חדשה, שבמידת הצורך היא יכולה למסור אותם לארץ מיושב.

ערב אחד, כשהוא כבר מתכונן לישון, תושבי ארמון הגרניט שומעים פעמון. הטלגרף שבילו מהאלמוג לביתם עובד. הם נקראים בדחיפות אל האלמוג. שם הם מוצאים פתק המבקש מהם ללכת לאורך החוט הנוסף. הכבל מוביל אותם למערה ענקית בה, לתדהמתם, הם רואים צוללת. בתוכה הם נפגשים עם אדונם ופטרונם, הקברניט נמו, הנסיך ההודי דאקר, שנלחם למען עצמאות מולדתו כל חייו. הוא, כבר אדם בן שישים שקבר את כל מקורביו, קרוב למוות. נמו נותן לחברים חדשים ארון עם תכשיטים ומזהיר שכאשר הר הגעש יתפרץ, האי (כזה המבנה שלו) יתפוצץ. הוא מת, המתנחלים מעלים את בקע הסירה ומורידים אותה מתחת למים, והם בונים את הספינה החדשה ללא לאות כל היום. עם זאת, אין להם זמן לסיים את זה. כל החיים מתים במהלך פיצוץ האי, ממנו נותר רק שונית קטנה באוקיאנוס. מתנחלים, שבילו את הלילה באוהל על החוף, מושלכים לים על ידי גל אוויר. כולם, למעט יופה, נשארים בחיים. יותר מעשרה ימים הם יושבים על השונית, כמעט מתים מרעב וכבר לא מקווים לשום דבר. לפתע הם רואים ספינה. זה דאנקן. הוא מציל את כולם. כפי שמתברר מאוחר יותר, קפטן נמו, בעוד הבוט היה עדיין שלם, ריחף עליו לתבור והשאיר פתק לחילוצים.

חזרו לאמריקה לתכשיטים שנתרמו על ידי קפטן נמו, חברים קונים חלקת אדמה גדולה וחיים עליה באותה צורה בה חיו באי לינקולן.