ביצירה - שתי עלילות, שכל אחת מהן מתפתחת באופן עצמאי. הפעולה הראשונה מתרחשת במוסקבה במשך כמה ימי מאי (ימי הירח המלא של האביב) בשנות השלושים. המאה ה- XX, הפעולה השנייה מתרחשת גם בחודש מאי, אך בעיר ירושלים (ירושלים) לפני כמעט אלפיים שנה - ממש בתחילת עידן חדש. הרומן בנוי בצורה כזו שפרקי קו העלילה הראשי משולבים בפרקים המרכיבים את קו העלילה השני, ופרקי ההכנסה הללו הם או פרקים מרומן האדון, או סיפורו של עד ראייה לאירועי וולנד.

באחד מימי החודש החמים במאי במוסקבה מופיע מישהו וולנד, שמתחזה למומחה בקסם שחור, אך למעשה הוא השטן. הוא מלווה בפנסיה מוזרה: ג'לה ערפד-מכשפה יפהפה, הטיפוס החצוף של קורובייב, המכונה גם בסון, אזזלו הקודר והמבשר-רעות והבמות השמנה והשממה המצחיקה, שלרוב מופיעה בפני הקורא במסווה של חתול שחור בגודל מדהים.

הראשונים לפגוש את וולנד בבריכות הפטריארך הם עורכו של מגזין האמנות הסמיך מיכאיל אלכסנדרוביץ 'ברליוז והמשורר איבן בזדומני, שכתב שיר אנטי דתי על ישוע המשיח. וולנד מתערב בשיחתם וטען כי ישו באמת קיים. כראיה לכך שיש משהו שאינו בשליטת אנוש, וולנד חוזה שנערת קומסומול רוסיה תנתק את ראשה של ברליוז. בעיני איוון המום, ברליוז נופל מיד מתחת לחשמלית, שנשלטת על ידי נערת קומסומול, וראשו מנותק. איוון מנסה ללא הצלחה לרדוף את וולנד, ואז, לאחר שהופיע במאסוליט (האיגוד הספרותי במוסקבה), מבהיר בצורה מבולבלת כל כך את רצף האירועים שהוא נלקח לקליניקה הפסיכיאטרית הפרברית של פרופסור סטרווינסקי, שם הוא פוגש את הדמות הראשית של הרומן - המאסטר.

וולנד, מגיע לדירה מספר 50 של בית 302 ביס ברחוב סדובאיה, שברליוז המנוח שכב עם מנהל התיאטרון Variete Stepan Likhodeev, ומצא את האחרון במצב של הנגאובר קשה, מציג בפניו חוזה שנחתם על ידיו, הליכודייב, לביצועו של וולנד בתיאטרון, ואז מגרש אותו מהדירה, וסטייופה בסופו של דבר לא מסתבר ביאלטה.

ניקנור איבנוביץ 'בוסוי, יו"ר שותפות הדיור מס' 302 ביס, מגיע לדירה מספר 50 ומוצא את קורובייב, שמבקש לשכור דירה זו לוולנדה, מאז שברליוז נפטר וליכודייב היה ביאלטה. לאחר שכנוע רב, ניקנור איבנוביץ 'מסכים ומקבל מקורובייב, בנוסף לשכר שנקבע בחוזה, 400 רובל, אותם הוא מסתיר באוורור. באותו יום הם הגיעו לניקנור איבנוביץ עם צו מעצר לאחסון המטבע, מכיוון שהרובלים הללו הפכו לדולרים. ניקנור איבנוביץ 'ההמם נופל לאותה מרפאה של פרופסור סטרווינסקי.

בשלב זה, מנסים המנהל הכלכלי וריאטי רימסקי והמנהל ורניאכה ללא הצלחה למצוא את הליכודייב שנעלם בטלפון והם מבולבלים, מקבלים ממנו מברקים מיאלטה בבקשה לשלוח כסף ולאשר את זהותו, מאחר שננטש ביאלטה על ידי המהפנט וולנד. לאחר שהחליט שזו הבדיחה המטופשת של ליכודייב, רימסקי, לאחר שאסף מברקים, שולח את ורנוח לקחת אותם "איפה שצריך", אך ורנאוקה לא מצליח לעשות זאת: אזאזלו והחתול בהמות, תופס אותו בזרועותיו, מסר את ורנאוקה לדירה מס '50 ומנשיקה המכשפה העירומה ג'לה ורנוקה נשללת מרגשות.

בערב, מופע בהשתתפות הקוסם הגדול וולנד ופמלייתו מתחיל על במת תיאטרון Variete. בסון עם יריית אקדח גורם לגשם כספי בתיאטרון, והאולם כולו תופס את חתיכות הזהב הנופלות. ואז נפתחת "חנות נשים" על הבמה, בה כל אישה מבין היושבות באולם יכולה להתלבש בחינם מכף רגל ועד רגל. תור מסודר ממש שם, אך בסוף ההופעה, הצ'רבונטות הופכות לחתיכות נייר, וכל מה שנרכש ב"חנות הנשים "נעלם ללא עקבות, מכריח נשים אמידות למהר לאורך הרחובות בתחתונים.

לאחר ההופעה, רימסקי מתמהמה במשרדו, והופכת אותו לנשיקה של ג'לה לערפד ורנאוקה. כשראה שהוא לא מטיל צל, רומן מפחד אנושות ומנסה לברוח, אבל הערפד ג'לה עוזר לוורנוחה. עם יד מכוסה בנקודות קדבריות, היא מנסה לפתוח את בריח החלון, ורנאחא שומרת על הדלת. בינתיים, בבוקר מגיע, נשמעת זעקתו הראשונה של תרנגול, והערפדים נעלמים. מבלי לאבד דקה, רימסקי האפור מיד במונית, מיהר לתחנה ויצא ברכבת מהירה לנינגרד.

בינתיים, איוון בזדומני, לאחר שנפגש עם המאסטר, מספר לו על איך נפגש עם הזר המוזר שהרג את מישה ברליוז. האדון מסביר לאיבן שהוא נפגש עם המכפלה עם השטן, ומספר לאיבן על עצמו. אהובתו נקראה אהובתו מרגריטה. בהיותו היסטוריון בהכשרתו, עבד באחד המוזיאונים, כשלפתע הוא זכה במפתיע בסכום עתק - מאה אלף רובל. הוא השאיר את עבודתו במוזיאון, שכר שני חדרים במרתף של בית קטן באחד מנתיבי ארבט והחל לכתוב רומן על פונטיוס פילטוס. הרומן כמעט הסתיים כשפגש בטעות את מרגריטה ברחוב, והאהבה פגעה בשניהם באופן מיידי. מרגריטה הייתה נשואה לגבר ראוי, גרה איתו באחוזה בארבאט, אך לא אהבה אותו. כל יום היא הגיעה לאדון. הפרשה הסתיימה, והם היו מאושרים. לבסוף הושלם הרומן, והמאסטר לקח אותו למגזין, אך הם סירבו להדפיס אותו שם. עם זאת, קטע מתוך הרומן הודפס, ועד מהרה הופיעו בעיתונים כמה מאמרים הרסניים על הרומן, עליהם חתמו המבקרים ארימן, לטונסקי ולברוביץ '. ואז האדון הרגיש שהוא חלה. לילה אחד הוא השליך רומן לתנור, אך בורח, מבוהל, תפס מרגריטה את ערימת הסדינים האחרונה מהאש. היא עזבה, לקחה איתה את כתב היד כדי להיפרד מבעלה ולחזור למאהבה לנצח בבוקר, אבל רבע שעה אחרי שהיא יצאה, הם דפקו בחלון - מספרים לאיבן את סיפורו, במקום הזה המאסטר מוריד את קולה בלחש - ועכשיו כמה חודשים אחר כך, בליל חורפי, כשהוא הגיע לביתו, הוא מצא את חדריו תפוסים והלך למרפאה פרברי חדשה, בה הוא גר כבר החודש הרביעי, ללא שם ושם משפחה, סתם חולה מחדר 118.

הבוקר מרגריטה מתעוררת מהתחושה שמשהו עומד לקרות. מוחה את דמעותיה, היא עוברת על סדיני כתב היד החרוך, מביטה בתצלום של המאסטר ואז יוצאת לטייל בגן אלכסנדר. כאן מתיישב אליה עזזלו ומודיע לה שזר אצילי מסוים מזמין אותה לבקר. מרגריטה מקבלת את ההזמנה מכיוון שהיא מקווה ללמוד לפחות משהו על המאסטר. בערב של אותו יום מרגריטה, כשהיא מפשטת עירומה, משפשפת את הגופה בקרם שהעניק לה אזזלו, הופכת לבלתי נראית ועפה מהחלון. כשהיא עפה על פני בית הכותב, מרגריטה מסדרת מסלול בדירה של מבקרת לטונסקי, שלדעתה הרגה את המאסטר. ואז מרגריטה פוגשת את אזזלו ומובילה אותה לדירה מס '50, שם היא פוגשת את וולנד ואת שאר הפמליים שלו. וולנד מבקש ממרגריטה להיות המלכה בכדור שלו. בתמורה הוא מבטיח להגשים את רצונה.

בחצות הלילה מתחיל כדור הירח המלא של האביב - הכדור הגדול בשטן, אליו הרמאים, מוציאים להורג, מתנכלים, רוצחים - פושעים מכל הזמנים והעמים; גברים במעילי זנב, נשים עירומות. במשך מספר שעות, מרגריטה העירומה מברכת את האורחים, חושפת את ידה וברכה לנשיקה. לבסוף, הכדור נגמר, וולנד שואל את מרגריטה מה היא רוצה כפרס על היותה המארחת של הכדור. ומרגריטה מבקשת מיד להחזיר לה את המאסטר. אדון בלבוש בית חולים מופיע בבת אחת, ומרגריטה, לאחר שהתייחסה עמו, מבקשת מוולאנד להחזיר אותם לבית קטן בארבאט, שם היו מאושרים.

בינתיים, מוסד במוסקבה מתחיל להתעניין באירועים מוזרים המתרחשים בעיר, וכולם מתיישרים בשורה שלמה ברורה מבחינה הגיונית: הזר המסתורי איוון בזדומני, מושב הקסמים השחור בוואראטי, דולרים של ניקנור איבנוביץ 'והיעלמותם של רימסקי וליכודייב. מתברר כי כל זו עבודתה של אותה כנופיה, בהובלת קוסם מסתורי, וכל עקבות הכנופיה הזו מובילים לדירה מספר 50.

אנו פונים כעת לקו העלילה השני של הרומן. בארמונו של הורדוס הגדול, חוקר הרודן יהודה פונטיוס פילאטוס את ישוע גא נוזרי שנעצר, שנשפט על ידי הסנהדרין להעליב את סמכותו של קיסר, ומשפט זה נשלח לאישור לפילאטיס. בחקירת העצורים, פילטוס מבין שלפניו אינו שודד שהסית אנשים לאי ציות, אלא פילוסוף נודד שמטיף לממלכת האמת והצדק. עם זאת, התובע הרומי לא יכול להרפות את האיש המואשם בפשע כנגד קיסר, ומאשר את עונש המוות. לאחר מכן הוא פונה לכהן הגדול של הקאיף היהודי, אשר לכבוד חג הפסחא הקרוב יכול לשחרר את אחד מארבעת הפושעים שנידונו למוות; פילטוס מבקש שזו תהיה נוזרי. עם זאת, קאיפא מסרב לו ומשחרר את השודד Var-Ravvan. בחלקו העליון של ליסאיה גורה ישנם שלושה צלבים עליהם נצלבים המורשעים. לאחר שקהל הצופים, המלווה את התהלוכה למקום ההוצאה להורג, חזר לעיר, בהר קירח נותר רק תלמידו של ישוע לוי מטווי, גובה המס לשעבר. התליין דוקר את האסירים המיוסרים, ונפילת מים פתאומית נופלת על ההר.

הרודן מתקשר לאפרניה, ראש שירותו החשאי, ומורה לו להרוג את יהודה מקרית, שקיבל כסף מהסנהדרין על שאפשר לו לעצור את ישוע גא נוזרי בביתו. עד מהרה, צעירה בשם ניזה פוגשת לכאורה בטעות את יהודה בעיר ועושה תאריך מחוץ לעיר בגן גת שמנה, שם הותקף על ידי אלמונים, דקרה אותו בסכין והסירה את ארנקו בכסף. כעבור זמן מה, אפרניוס מדווח לפילאטיס כי יהודה נדקר למוות ושק כסף - שלושים טטרדרכמות - הושלך לבית הכהן הגדול.

לוי מטווי מובא לפילאטיס, המראה לתובע את הקלף עם הדרשות של הגה-נוזרי. "הסגן החמור ביותר הוא פחדנות", קורא התובע.

אבל חזרה למוסקבה. עם השקיעה, במרפסת של אחד מבנייני מוסקבה, הם נפרדים מהעיר וולנד ופמלייתו. לפתע מופיע לוי מטווי, שמציע לוולנד לקחת את המאסטר לעצמו ולתגמל אותו בשלווה. "ולמה אתה לא לוקח אותו לאורכם?" - שואל וולנד. "הוא לא הגיע לאור, היה מגיע לו שלום", עונה לוי מטווי. לאחר זמן מה, עזאזלו מגיע לבית למרגריטה ולאדון ומביא בקבוק יין - מתנה מוולאנד. לאחר שתיית יין, האדון ומרגריטה נופלים ללא רגשות; באותו הרגע מתחילה המהומה בבית הצער: המטופל נפטר מחדר מספר 118; ובאותו רגע ממש באחוזה על ארבט הצעירה מתבהרת פתאום, אוחזת בלבה ונופלת על הרצפה.

סוסים שחורים קסומים סוחפים את וולנד, פמלייתו, מרגריטה והמאסטר. "הרומן שלך נקרא", אומר וולנד למאסטר, "והייתי רוצה להראות לך את הגיבור שלך." כאלפיים שנה הוא יושב באתר זה ורואה בחלום דרך מוארת ירח ורוצה ללכת לאורך זה ולשוחח עם פילוסוף נודד. עכשיו אתה יכול לסיים את הרומן בביטוי אחד. " "חינם!" הוא מחכה לך! " - צועק האדון, ומעל התהום השחורה נדלקת עיר אדירה בגינה, אליה נמתחת דרך הירח, והרוכש זורם במהירות בדרך זו.

"פְּרִידָה!" - צורח וולנד; מרגריטה והאדון עוברים על הגשר מעל הנחל, ומרגריטה אומרת: "הנה הבית הנצחי שלך, אלה שאתה אוהב יגיעו אליך בערב, ובלילה אני אגן על השינה שלך."

ובמוסקבה, אחרי שעזב אותה וולנד, החקירה בתיק הכנופיה הפלילי נמשכת זמן רב, אולם הצעדים שננקטו בכדי לכבוש אותה אינם נותנים תוצאות. פסיכיאטרים מנוסים מסיקים כי חברי הכנופיה היו מהפנטים מכוח חסר תקדים. עוברות כמה שנים, אירועי אותם ימי מאי מתחילים להישכח, ורק פרופסור איבן ניקולאביץ 'פונירב, המשורר לשעבר הומלס, כל שנה, רק הירח המלא האביבי חגיגי מופיע, מופיע על בריכות המכפלה ויושב על אותו ספסל בו פגש לראשונה את וולנד, ואז, אחרי שצעד לאורך הארבט, הוא חוזר הביתה ורואה את אותו החלום בו באים אליו גם מרגריטה וגם האדון, וישוע גא-נוזרי, והתובע החמישי האכזר של יהודה, הרוכב פונטיוס פילאטוס.