תעשיין יפני אחד, בהשפעת האופנה האמריקאית, החליט לבנות מקלטים אטומיים בודדים, אך הם לא הצליחו להקים ייצור המוני, והמקלט היחיד שנבנה ננטש. חמש שנים לאחר מכן הקימה חברת הבנייה, שהשתמשה בבונקר כבסיס, בניין בן שלוש קומות, שגבו צמוד למדרון. בבית זה התיישב אדם שעזב מרצונו את החברה. בעבר האחרון הוא היה מזכירו האישי של פוליטיקאי מפורסם, נישא לבתו ופרסם מקלטים אטומיים בחברת בנייה ששלט חמותו.
אבל יום בהיר אחד, הוא לקח מאשתו בן בן חמש, שהרופאים רואים שהוא מפגר נפש, והחל לחיות עם הילד כמתבודד במקלט. הוא עצמו מינה את עצמו לעורך הדין של מי שהוא הכי אהב בעולם הזה - עצים ולווייתנים. הוא שינה את שמו כדי להדגיש את המהות החדשה שלו, והחל לקרוא לעצמו אוקי ("עץ אדיר") איסנה ("דגים אמיצים"). הוא עוסק בהסתכלות בתמונות של לווייתנים, צופה דרך משקפת אחר עצים הגדלים בחוץ. כדי להיות קרוב יותר לטבע, הוא עשה חור ברצפת הבונקר 30 × 30 סנטימטרים וצלל למחשבה והניח את רגליו היחפות על אדמה אמיתית. איסנה הקליטה את קולותיהם של ציפורים שונות, ובנו דזין למד לזהות אותם במדויק: התברר שלילד שמיעה חריגה במיוחד.
ברגע שקורה אירוע בשפלה ביצה הנראית מחלונות המקלט. נערה צעירה מפתה סוכן משטרתי, וחבריה תוקפים אותו ולוקחים את האקדח. כדי להציל את עצמו, הסוכן בוחר את החלשים ביותר של התוקפים, ולאחר שהתמודד, מניח אזיק על ידו, בזמן שהוא לוחץ על האזיק השני על ידו. בני נוער היכו את הסוכן, והילד מנסה לכרות את ידו כדי להימלט. סוכן משטרתי משחרר את האזיקים ובורח, והנערים צורחים אחריו במשך זמן רב.
כשראה שהעצים מכוסים עלווה צעירה וזכו לתחושת ביטחון מוחלטת, איסנה, הקשורה אליהם רוחנית, מרגישה גם היא מוגנת ועוזבת את המקלט. הוא, כמו צמחים, מתעורר ממצב שינה ומבקש מוצא לאנרגיה שהצטברה בו. יחד עם ג'ין הוא עולה לאוטובוס ויוצא לפארק, אך הם מגיעים מאוחר מדי: הפארק כבר סגור והרכיבות לא עובדות. השומר בכל זאת מתגעגע אליהם, ובפארק שומם הם פוגשים חבורה של בני נוער תוקפניים, שאחד מהם מחזיק ביד חבושה. איסנה מרגישה פחד בלתי נסלח וממהרת לחזור למקלט. כשהוא הולך לחנות ומשאיר את ג'ין בבית לבדו, איסנה גם חווה פחד. יש לו סיוטים בלילה. יש לו תחושה שמתבוננים במקלט שלהם כל הזמן. ברגע שהוא מגלה ציור על קיר הבית - מעגל וצלב. איסנה מציירת ליד דפוס העיניים הזה. הוא פוגש בחורה בסמוך לביתו, שמציעה לו לישון בחדר ההלבשה של השחקנית המפורסמת באולפן קולנוע נטוש, הניצבת מעט רחוק יותר מהשפלה הבוצית. איסנה לא עונה דבר ולא עוזבת, ובלילה שומעת רמיסת בני נוער על הגג ודואגת לג'ין, שמאזן הנפשי השברירי שלו כל כך קל להרגיז.
למחרת, איסנה מביטה מבעד למשקפות בהריסות אולפן קולנוע ורואה בחורה עירומה בחלון הביתן. לפתע הוא מבחין בקבוצת בני נוער שמאשימים אותו בריגול עליהם. הם שואלים מדוע איסנה וג'ין גרים כאן בלי לדבר עם אף אחד. איסנה מסבירה להם שהוא עורך דין לעצים ולוויתנים. לאחר שאיימו על פעולות תגמול, בני הנוער אילצו את איסן להכניס את בוי לביתו, נער שפצעו החל להתגנב, ואינאגו, הילדה שהציעה לאיסאן לישון איתה. איסנה הולכת לבית המרקחת לתרופות למטופל, ואילו אינאגו מטפל בג'ין. להפתעתו של איסן, הילדה מתייחסת לתינוק בזהירות ובתשומת לב.
נער אחד, טאקי, מספר לאיסנה על עץ הלווייתן. בילדותו שמע טאקקי עליו, חלם עליו, אך מעולם לא ראה אותו. השם "עץ לווייתן" מעניק לאישן תחושה חמה, זה גם מתחיל להיראות לו שעץ כזה קיים. חזרה מהבית המרקחת, איסנה נופלת מהאופניים. בני נוער צוחקים, לא חושבים בכלל שהוא יכול להיפגע. איסנה מתפעלת מאכזריותם. טקאקי מגיע לאיסנה במכונית גנובה וממשיך את סיפור עץ הלווייתן. כמה ימים לאחר מכן, טאקאקי מראה לאיסאנה מטמון של בני נוער: הם התמקמו באולפן קולנוע נטוש. הם פירקו את הספנדר, שאחד מהם היה אמור לשמור, גרר אותו בחלקים לאחד הביתנים, ושם הם אספו אותו והחלו ללמוד את העסק הימי, כך שיוכל אחר כך להפליג. בני הנוער מאוחדים באיגוד הימי חינם וחיים ממש כאן, מציידים את התאים במרתף.
כשראה שטקאקי הביא את איסן, הילד, שכמעט התאושש וחזר לקופרת, רוצה לירות ב"האיש המשוגע הזה ": אף אחד אחר לא צריך לדעת על המטמון שלהם. איסנה אינה חוששת מהמוות: אינאגו דואג לילד כל כך טוב שהוא יכול להסתדר בלי אב. אבל איסנה חייבת למלא את משימתה - לספר לחדשים מעולמות אחרים כי לא האדם הוא שמל עלי אדמות, אלא לווייתנים ועצים. בקטטה חוששים שאיסנה ידווח עליהם למשטרה, אך כל בני הנוער האחרים חדורים בביטחון באיסאן ומציעים לו להצטרף אליהם.
אדם שכונה קורוטקי, שהוא כבר בן ארבעים, כך שהוא מבוגר עוד יותר מאיסאן, אומר שבגיל שלושים וחמש פתאום החל להתכווץ והוא עדיין מתכווץ. אכן, איבריו נראים ארוכים מדי בהשוואה לגוף קצר מדי. הוא נשלח לבית חולים פסיכיאטרי, אך נמלט משם. אין לו מקום בעולמם של אנשים רגילים, והוא מרגיש נורמלי בחברה של מתבגרים. בני נוער מאזינים להיגיון של איסן בנוגע לעצים ולוויתנים, ומגיעים למסקנה שיש לו את מה שחסר להם: היכולת להביא את מחשבותיהם למילים. הם מאמינים שהפקודה המצוינת שלו במילה עשויה להועיל להם.
איסנה מודה בפני בני נוער על חטאיה: כשהיה מזכירתו לחותנו, הוא הביא אליו נערים, מפנק את סטיותיו. פעם הם הרגו בטעות ילד, ומאז איסנה לא ידעה שלום. כ"מומחה במילים ", איסן מתחיל ללמוד אנגלית אצל בני נוער, ובוחר עבור" מובי דיק "ואת דוסטויבסקי בתרגום לאנגלית. תחילה הוא חושש כי שיחותיו של הזקן זוסימה נראים מוסריים מדי עבור בני הנוער, אך הם מקשיבים בעניין רב והמילה "תפילה" פשוט מרתקת אותם. להפתעתו של איסן, המתבגרים התחבבו מאוד על ג'ין ונהנו להאזין למוזיקה רצינית. איסנה חיה בציפייה לסוף העולם, ובני נוער מחכים לרעידת האדמה הגדולה - יש להם המון במשותף.
בני נוער נמשכים לאיחוד הימי החופשי על ידי חייל של כוחות ההגנה העצמית - אינאגו האהוב. הם רוצים שהוא ילמד אותם כיצד לטפל בנשק. איסנה מבקשת מאשתו נובי למצוא מקום בחוף בו יוכלו הוא וחבריו לחיות שבועיים עד שלושה. נובי מוצא מקום כזה עבורם באיזו, אך שם קורוטקי מבגידה - הוא מצלם את התרגילים הצבאיים של איחוד הציירים החופשיים ומוכר תמונות לשבועון. הוא מבקש להכריח בני נוער להרוג אותו, מתוך אמונה שהפשע יאחד אותם ויהפוך את איחוד הציירים החופשיים לארגון צבאי. בני הנוער מסדרים משפט על קורוטקי, ובמהלכו אחד מהם - טאמצ'יצ'י - פוגע בטעות את קורוטקי. בהבנה שהפצע הקצר הוא קטלני, מתבגרים מחליטים להוציאו להורג. כל אחד מהם זורק עליו אבן. איסנה והחייל נפרדים זה מזה. חייל, תופס מקלע טעון וזורק את אינאגו, יושב על אופנוע ובורח, בני הנוער יצאו למרדף. אחד מהם - טמאצ'יצ'י - זורק רימון לעבר מגרש דייג. הנפלאה נדלקת והחשד נופל על החייל. חייל מתאבד. אינאגו הופכת לפילגש של איסן, איסן, דזיני, אינאגו חוזרים לטוקיו, במקלט. שם הם פוגשים על ידי בני נוער: הם הורסים אולפן קולנוע, לא היה להם לאן ללכת, ואחרי ששברו חלון הם טיפסו למקלט של איסן.
בביתן בסטודיו לקולנוע היה קרב אחד בלבד: הוא מעולם לא הסכים לעזוב את הכמורה. כדי שהיא לא תיפול לידיים הלא נכונות, הוא מפוצץ את זה. עובדים שהרסו אולפן קולנוע היכו את בוי. טמקיאצ'י לוקח את החבר הגוסס למרפאה באוניברסיטת טוקיו ומשאיר אותו בארקייד. בני נוער מתלבטים מה לעשות הלאה. איסנה מבקשת מנובי לעזור להשיג את הכסף שהספינה תצא לשייט עם בני הנוער. נעמי המינה את עצמה לבחירות, ואיסנה מקווה שמועיל לה שבעלה ובנה ישחו בים, יגנו על הלווייתנים, במקום שישבו במקלט אטומי. נובי מבטיח להציע לחברת הבנייה לקנות מחסה ואדמות מאיסאן - התמורה תספיק למפעל המתוכנן. למקרה, מתבגרים מספקים אספקת מזון - אם הם יהיו במצור, הם יזדקקו להם במקלט, אך אם הם צפויים להפליג, הם ייקחו אותם איתם. כדי לא לסכן את הילד, בני הנוער מציעים לאיסאן וג'ין לעזוב את המקלט, אך איסנה רוצה להודיע לאשתו שהם וג'ין נלקחים בבני ערובה - אז היא בוודאי תעמיד ספינה לרשותם. מכוניות משטרה נראות מחלון המקלט. חוליה ממונעת הקיפה את הבניין. בני נוער יורים, שוטרים ירה גז מדמיע. הם מפצירים במצורף להיכנע.
בני נוער מחכים לבואה של אשתו של איסן. נובי מגיעה, אך טוענת שגם בשם חיי ילדה היא לא תיכנס לעסקה עם עבריינים. בני נוער נלחמים באומץ, אך הכוח לא נמצא לצדם והם מתים בזה אחר זה. מתברר שהם כבר לא צריכים את הספינה: הם עדיין לא יכלו לצאת לשייט, מכיוון שהנווט ומפעיל הרדיו נהרגו. טמאצ'יצ'י מתכוון להילחם עד הסוף, אך הוא לא רוצה שאיחוד הציירים החופשיים ייעלם ללא עקבות. הוא מזמין את טאקאקי לעזוב ולהחיות אותו. איסנה מתפטר מתפקידו כמומחה על פי איגוד השייטים החופשיים, כעת הוא מחויב באופן מלא לחובותיו של עורך דין לוויתן ועצים. טקאקי מודה שהסיפור שלו על עץ הלווייתן הוא פיקציה, אבל איסנה מתנגדת שברגע שהוא לא יכול ללכת לביתו של טקאקי ולהשתכנע בכך, שום דבר לא מונע ממנו להאמין שעץ הלווייתן קיים. טקאקי עם דגל לבן עוזב את המקלט, ואחריו אינאגו עם ג'ין בזרועותיו ורופא (סטודנט לשעבר במכון רפואי). בזמן שהם ניגשים לרכב, השוטרים היכו אותם.
כאשר המכונית מורידה את מי שנכנע, משאית כבאית עם מנוף נוסעת אל המקלט ומתחילה להרוס את הבניין. במקלט נותרו רק איסנה וטמקיטי. איסנה יורדת לבונקר. כשהוא מניח את רגליו על האדמה, הוא מקשיב לסרט בצרחות של לווייתנים. מים מכים מזרקה: הושלכו על ידי כבאית, הם דלפו מתחת ליסוד ונסתם במקום בו היה חור ברצפה. כיסוי הביאה עולה, יריות נשמעות. איסנה יורה לאחור. מים עולים יותר ויותר. כשהיא פונה אל נשמת העצים והלוויתנים, איסנה שולחת להם את הסליחה האחרונה ומתה.