אירועי ההצגה מתקיימים במצרים, בעיר אלכסנדריה, בסוף שלטונה של שושלת ה- XIII, בשנת 48 לפני הספירה. הלגיות של קיסר נכנסות למצרים. העיר נמצאת בבהלה. המלכה קליאופטרה, ילדה בת שש-עשרה, נעלמה. הם לא יכולים למצוא אותה בשום מקום.
בשלב זה יוליוס קיסר, לבדו, במדבר עובר ליד עותק קטן של הספינקס ורואה את קליאופטרה ישנה על חזהו של פסל אבן. היא מתעוררת, אומרת שהיא מלכת מצרים, ומזמינה את קיסר, שאותו היא מכנה "הזקן", לטפס לתוכה וגם להסתתר מהרומאים. קליאופטרה חוששת מהם בטירוף. קיסר מודה שהוא רומי, ואומר שאם ילדה תעשה הכל כדבריו, קיסר לא יעלב אותה. קליאופטרה מבטיחה להיות עבדו ולציית לו בכל דבר. ואז הם עושים את דרכם באדישות דרך המדבר אל תוך הארמון.
קליאופטרה ביישנית מאוד בארמון. היא חוששת לתת הוראות לעבד, רועדת לפני האומנת שלה פטאטיטה. קיסר מלמד אותה להתנהג באופן מלכותי, לפקד ולכפות את עצמה לציית. קליאופטרה זוכה לטעום וכבר חולמת כיצד "להאכיל" את עבדיה ברעל ולהשליך אותם לנילוס כדי שייקרעו אותם לתנינים. קיסר מבקש ממנה לא להיסחף. עם זאת, היא עדיין חוששת מאוד מקיסר. כשחיילים רומאים נכנסים לארמון, מברכים את האדם לידה במילים: "תהילה לקיסר!", קליאופטרה משיגה לפתע את נקודת מבקם, ובהקלה, בבכי, נופלת לזרועותיו.
הצאר תלמי דיוניסוס (ילד בן עשר, אחיה של קליאופטרה ויריבתה) ושומרו פוטין נכנסים לאולם התחתון של הארמון. הם מלווים על ידי תיאודוטוס, חונך המלך, אכילס, מנהיגו הצבאי ואנשי חצר. תלמי, ברגע של פוטין, מנסה להביע את אי שביעות רצונו מהפלישה של קיסר ומההתנהגות של קליאופטרה. קיסר נכנס לחדר, מלווה על ידי הקצין הרומי רותיוס ומזכירתו, בריטון, בריטי לאום, לבושים בכחול. קיסר אינו נוטה לשפוך דם במצרים, אך הוא דורש שישולמו לו חלק מכמות הכסף שצריכה מצרים לתת לרומא על פי ההסכם הישן בין קיסר למלך מצרים לשעבר בגלל העובדה שקיסר סייע פעם להחזיר את הכס. קליאופטרה, שהחליטה להתנהג כמו מלכה, רצה אל אחיה, מושכת אותו מהכסא, והיא עצמה יושבת במקומו. קיסר, נגע בטרדות הנער, מרגיע אותו בעדינות.
חצרנים ומנהיגים צבאיים מצריים דורשים כי קיסר יעזוב את אדמתם, אך הוא משיב שהוא יעשה זאת רק לאחר שקליאופטרה תהפוך למלכה. הוא מאפשר לכל המצרים לפרוש, להתמרמרות רבה של מקורביהם, ומזהיר כי לא יצליח לרסן את רות וחייליו במשך זמן רב, ואלה המשתוקקים לחטוף חרבות מנדנה. פוטין מקונן במרירות על הצדק הרומי, על חוסר הכרת התודה ברומאים. קיסר אובד עצות. הוא לא מבין מה עומד על כף המאזניים. ואז פוטין מבקש מלוציוס ספטימיוס לעזוב, שאומר שהוא הרג את פומפי הרפובליקני, שרצה להביס את קיסר. קיסר נדהם: הוא נחרד מהפשע של לוציוס ספטימיוס.
המצרים עוזבים. קיסר נשאר עם קליאופטרה, שמוכיח אותו ברגישות יתר. היא גם מספרת לו איך אביה הצליח להחזיר את הכס. והוא נעזר על ידי צעיר יפהפה שהגיע מרומא עם הרבה פרשים. ואז קליאופטרה הייתה רק בת שתים עשרה, היא התאהבה בבחור הצעיר הזה. היא מופתעת מאוד כאשר קיסר מספר כי הוא זה ששלח את מארק אנתוני לעזור לאביה. קיסר מבטיח לה שאם היא כל כך רוצה, הוא ישלח אותה אליו.
קיסר מצווה על רותיוס לשרוף כמה ספינות רומיות שנמצאות בנמל המערבי, ולקחת את כל הסירות שנמצאות בנמל המזרחי בעצמו ולכבוש את פארוס, אי עם מגדלור. פוטין מגיע לקיסר הולך לבטא בפניו את דרישות המצרים. הפעם, קיסר לוכד אותו. ואז תיאודוטוס רץ פנימה ובהתרגשות יתרה מדווח כי האש מאוניות רומיות התפשטה לספריית אלכסנדריה, קודש הקודשים של התרבות המצרית. קיסר ממליץ לו לקרוא לעזרת הכיבוי של אש אכילס וצבאו. (אז הוא מתכנן להסיט את תשומת לבו של אכילס מלכידת האי פארוס על ידי הרומאים.) קיסר לובש את השריון ועוזב לקחת חלק בלכידת פארוס. קליאופטרה מתחננת שהוא יזהר.
לאחר עזיבתו של קיסר על הסוללה, שם עומדים השומרים הרומאים, מופיע אפולודורוס, חובב אמנות סיציליאני, פטריסי,. הוא מביא את השטיחים הפרסים לארמון, רוצה שקליאופטרה תבחר בכמה מהם. המלכה עצמה בורחת מהארמון. היא רוצה להיכנס מייד לסירה ולשוט לקיסר. עם זאת, השומר אינו מאפשר לה לעשות זאת. זה מנוגד לצו של קיסר. ואז קליאופטרה מבקשת מאפולולודורוס בסירה למסור לקיסר שטיח פרסי יפהפה במתנה ממנה ולקבל אישור עבורה להפליג אליו אל האי. היא רצה לבחור שטיח. עד מהרה סבלים נושאים מתנה מהארמון, מניחים אותה על סירה ואפולודורוס מפליג מהחוף. כשהסירה כבר רחוקה מהשומר, פטאטיטה מודיעה לו בציניות שהוא התגעגע לקליאופטרה, מכיוון שהיא בכל זאת נכנסה לסירה כשהיא עטופה בשטיח.
סירה משייטת לעבר האי. בזמן זה מישהו זורק תיק כבד למים, אפו של הסירה נשבר, והוא שוקע. אפולודורוס בקושי מצליח להוציא את השטיח מהמים. בעוד קיסר, בריטים ורופוס צופים בהתלהבות באפולודורוס ובנטל שלו, המצרים נחתו על החוף. הרומאים וקליאופטרה יכולים לשחות רק. קיסר שוחה כשהוא נושא את קליאופטרה על גבו. עד מהרה מתקרבת אליהם סירה, והם עוברים על סיפונה.
האירועים הבאים נפרשים במרץ 47, כלומר חצי שנה לאחר האירועים הראשוניים. פוטין, שעדיין מוחזקת בשבי על ידי קיסר ומתגוררת בארמון, מחפשת קהל עם קליאופטרה ובמהלכה היא מתנהגת בהכנעה ובכבוד, לפעמים מנסה להקים את המלכה נגד קיסר, אך קליאופטרה מגרשת אותו משם. הוא הולך לקיסר ונלהב להחזירו נגד קליאופטרה, אך אין לו זמן לעשות זאת, כי המלכה עצמה נכנסת, הולכת לסעוד עם קיסר, אפולודורוס ורותיוס. קיסר מבקש מפוטין לומר את מה שרצה לומר, או לעזוב, כי הוא ייתן לו חופש. פוטין, לאחר קצת בלבול, מתחיל לעודד אותו שקליאופטרה רוצה למלוך את מצרים לבדה ובכל ליבה מחכה לעזיבתו. קליאופטרה טוענת בזלזול שמדובר בשקר. קיסר, לעומת זאת, מגלה שגם אם זה היה כך, זה היה די טבעי. הוא מבקש מפוטין לעזוב וחוזר שהוא חופשי. קליאופטרה מרתיחה מכעסים ומורה בשקט לפטיטיה להרוג את פוטין לפני שהוא עוזב את הארמון. בארוחת הצהריים כולם שומעים לפתע צעקה וקולות של גופה נופלים. לוציוס ספטימיוס נכנס ומודיע לקיסר כי פוטין נהרג והעיר השתגעת כי פוטין היה החביב על תושבי העיר. קליאופטרה מודה שהיא הורתה להרוג את פוטין בהכפשותיו. רוביוס ואפולודורוס מאשרים את מעשהה. עם זאת, קיסר אומר שכעת הוא לא יוכל להגן על חיי המלכה מפני המצרים הזועמים. לוציוס ספטימיוס מרגיע אותו. הוא מדווח כי תגבורות הגיעו לרומאים - צבא המיתרידים של פרגמון. קיסר הולך לפגוש את מיתרידטס. לפני היציאה, רותיוס דוקר בשקט את פטטיטה כמו נמרה פרועה שיכולה לתקוף בכל רגע, שכן בהמשך הוא מסביר את מעשהו לקיסר. הוא מאשר אותו. חיילים רומיים מנפצים את המצרים, המלך תלמי טובע בנהר, וקליאופטרה הופכת לשליט הריבון.
קיסר מתכונן להפליג לרומא. לפני שעזב את מצרים, הוא משאיר את רופיוס כמושל. לקליאופטרה הוא חוזר על הבטחתו לשלוח את מארק אנתוני.