בשנת 1835 עברה משפחת בודדנברוק, הנערצת מאוד בעיר המסחר הגרמנית הקטנה מרינקירשה, לבית חדש במנגסטראסה שנרכש לאחרונה על ידי ראשו של יוהן בודדנברוק. המשפחה מורכבת מג'והן בודדנברוק הזקן, אשתו, בנם יוהן, כלת אליזבת ונכדים: תומאס בן העשר, אנתוני בן השמונה - טוני - וכריסטיאן בן השבע. הם עדיין גרים עם בני גילם טוני קלוטילדה, צאצא הקו המשפחתי העני, והאמנתה אידה יונגמן, ששירתה אתם כל כך הרבה זמן שהיא נחשבת כמעט לבני המשפחה.
אבל המשפחה מנסה שלא להזכיר את בכורו של יוהן בודדנברוק הזקן, גורתולד, שגר בברייטנשטראסה: הוא יצר איחוד בנישואים עם בעל חנות. עם זאת, גורתולד עצמו לא שכח את קרוביו ודורש חלק מהמחיר לרכישה המגיע לו מהבית. יוהן בודדנברוק ג'וניור מדכא את אחיו, אך כאיש עסקים הוא מבין שאם תשלם את מה שנדרש לגורודודדה, החברה תאבד מאות אלפי מארקים, ולכן מייעצת לאביו שלא לתת כסף. הוא מסכים בקלות.
שנתיים וחצי אחר כך, שמחה מגיעה לבית בודדנברוקס: לאליזבת יש בת, קלרה. האב המאושר נכנס לחגיגיות לאירוע זה במחברת עם קצה מנוסר מוזהב, שהתחיל סבו והכיל אילן יוחסין ארוך של שבט בודדנברוק ותווים אישיים של ראש המשפחה הבא.
ואחרי שלוש וחצי שנים גברת בודדנברוק הזקנה נפטרת. לאחר מכן, בעלה פורש, ומעביר את ניהול החברה לבנו. ותוך זמן קצר היא גם נפטרת ... לאחר שנפגש עם גורתולד בקבר אביו, יוהן מסרב בתוקף לירושה: כל שאר הרגשות חייבים לשתוק לפני החוב שמטיל עליו את תואר ראש החברה. אבל כשגורתולד מחסל את חנותו ויוצא לגמלאות, הוא ושלוש בנותיו מתקבלות בשמחה לחיק המשפחה.
באותה שנה טום נכנס לעסקי אביו. טוני, בטוחה בכוחם של הבודדנברוקס ולכן בחסינותה שלה עצמה, מרגיז לעתים קרובות את הוריה במעשי הקונדס שלה, ולכן היא נשלחת לפנסיון זאזמי ויהברוד.
טוני כבר בת שמונה עשרה כשמר גרינליך, סוחר בהמבורג שהקסים לחלוטין את הוריה, מציע לה הצעה. טוני לא אוהב אותו, אך לא הוריה וגם הוא לא מקבלים את סירובה ומתעקשים על נישואים. בסופו של דבר הנערה נשלחת לטרוומואנדה, לים: תנו לה להתעשת, להרהר ולקבל את ההחלטה הטובה ביותר. הוחלט ליישב אותו בביתו של הטייס הזקן שוורצקופף.
בנו של טייס מורג מבלה לעתים קרובות עם טוני. אינטימיות סודית מתעוררת ביניהם, ועד מהרה צעירים מודים באהבתם זה בזה. עם זאת, כשחוזר הביתה, טוני נתקל בטעות במחברת משפחתית עם קצה מוזהב, קורא ... ופתאום הוא מבין שהיא, אנתוני בודדנברוק, היא חוליה בשרשרת יחידה ומלידה נקראת לקדם התרוממות רוחה מסוגה. כשהוא תופס עט באדישות, טוני כותב שורה נוספת במחברת שלו - על אירוסיו עם מר גרונליך.
טוני הוא לא היחיד שמתנגד לתכתיבי הלב: טום גם נאלץ לעזוב את אהובתו, מוכרת חנות פרחים.
חיי המשפחה של גרונליק לא מצליחים במיוחד: גרונליך כמעט לא שם לב לאשתו, מנסה להגביל את הוצאותיה ... וארבע שנים אחר כך מתברר שהוא פושט רגל: זה יכול היה לקרות בעבר, אם הוא לא היה יכול להביא את טוני לנדוניה שלה וליצור רושם, שעובד עם משרד חותנו. יוהן בודדנברוק מסרב לעזור לחתנו; הוא ממיס את הנישואים של טוני ולקחת אותה אליו עם בתה אריקה אליו.
בשנת 1855 נפטר יוהן בודדנברוק.ההנהגה בחברה עוברת למעשה לתומאס, אם כי לפי הצעתו, תפקיד מוביל תפוס באופן פיקטיבי על ידי דודו גורתולד. אה, טום הוא צעיר רציני, מסוגל לכבד הגינות ובעל אומדן עסקי! אבל כריסטיאן, למרות שבילה שמונה שנים בארצות זרות, לומד עבודה פקידותית, אינו מגלה קנאות עבודה ובמקום לשבת חובה במשרד של חברה משפחתית מבלה במועדון ובתיאטרון.
קלרה, בינתיים, בת תשע-עשרה; היא כה רצינית ויראת שמיים שקשה להתחתן איתה אלא כאדם בדרגה רוחנית, כך שאליזבת בודדנברוק מבלי להסס מסכימה לנישואיה של בתה עם הכומר טיבורטיוס. תום, שאליו תואר ראש המשפחה ותפקיד ראש החברה עוברת לאחר מותו של הורתולד, גם הוא מסכים, אך בתנאי אחד: אם אמו מרשה לו להתחתן עם גרדה ארנולדסן, חברתו של טוני על הסיפון, הוא אוהב אותה, וחשוב לא פחות, חמיו לעתיד הוא מיליונר ...
שתי ההתארגנויות נחגגות במעגל משפחתי קרוב: בנוסף לקרובי משפחת בודדנברוקס, כולל בנות גורתולד, שלוש הנעלות הוותיקות מברייטנשטראסה ומקלוטילדה, נוכחות רק טיבורטיוס, משפחת ארנולדסן וחבר ותיק של הבית זאזמי ויהברודט. טוני מציג לכולם את ההיסטוריה של שבט בודדנברוק בקריאת מחברת משפחתית ... עוד מעט יתקיימו שתי חתונות.
לאחר מכן שולטת השקט בבית במנגשטראסה: קלרה ובעלה יחיו עתה במולדתו, בריגה; טוני, לאחר שהפקיד את אריק בטיפול בזזמי ויהברודט, עוזב לבקר את חברתו במינכן. קלוטילדה מחליטה להתיישב לבד ועוברת לבית הארחה זול. טום וגרדה חיים בנפרד. כריסטיאן שמתעצם יותר ויותר ויותר ויותר עם ריב אחיו, עוזב בסופו של דבר את החברה ומצטרף לחברה בהמבורג כבן לוויה.
כאן טוני חוזר, אך זמן קצר אחריה מגיע אלואה פרמנדר, אותה הכירה במינכן. נימוסיו משאירים הרבה רצוי, אבל, כמו שטוני אומר לעורך הדין הנצחי אידיאה יונגמן, ליבו חביב, והכי חשוב - רק נישואים שניים יכולים לפצות על הכישלון הראשון ולהסיר את הכתם המביש מההיסטוריה המשפחתית.
אבל הנישואים השניים לא משמחים את טוני. פרמנדר חי בצניעות, ואי אפשר לסמוך על הכבוד לבית בודדנברוק למינכן, ועוד פחות מכך. ילדה השני נולד מת, ואפילו צער אינו יכול להפגיש בין בני זוג. ופעם אריסטוקרט טוני מוצא את בעלה כשהוא, שיכור, מנסה לנשק את המשרתת! למחרת, אנתוני חוזר לאמו ומתחיל במאמצי הגירושין. לאחריה היא יכולה רק לחסל את קיומה חסר העונג של אישה גרושה שוב.
עם זאת, השמחה מגיעה למשפחה - תומאס מוליד בן, היורש העתידי של החברה, שנקרא על שם סבו יוהן, בקיצור - גנו. האחות שלו נלקחת כמובן על ידי אידה יונגמן. ואחרי זמן מה, טום הופך לסנאטור, לאחר שניצח בבחירת יריבו הוותיק בסחר הרמן האגנסטרום, איש מסורות חסרות שורשים ואינו מכבד. הסנאטור החדש שבונה לעצמו בית מפואר חדש - סמל אמיתי לכוחם של בודדנברוקס.
ואז קלרה מתה משחפת מוח. בהגשמת בקשתה האחרונה, אליזבת נותנת לטיבורטיוס את חלקה התורשתי של בתה. כשטום מגלה שסכום כה גדול ללא הסכמתו הותיר את הון החברה, הוא זעם. אמונתו באושרו נפגעה קשה.
בשנת 1867 התחתן אריקה גרונליך בת העשרים עם מר הוגו וויינשנק, מנהל חברת הביטוח. טוני שמח. למרות ששמה של בתה, ולא שלה, רשום במחברת המשפחתית שליד שם הבמאי, אפשר לחשוב שטוני היא בת זוג חדשה - היא כל כך שמחה לארגן דירה צעירה ולקבל אורחים.
בינתיים, טום נמצא בתאושה עמוקה.הרעיון שכל ההצלחה חלפה, שהוא גבר בן ארבעים ושתיים, המבוסס יותר על אמונה פנימית מאשר על עובדות חיצוניות, מונע ממנו לחלוטין אנרגיה. טום מנסה לתפוס שוב את מזלו ויוצא להונאה מסוכנת, אך למרבה הצער, זה נכשל. חברת יוהן בודדנברוק צונחת בהדרגה בפרוטה ואין תקווה לשינוי לטובה. היורש המיוחל, גנו, למרות כל מאמצי אביו, אינו מראה שום עניין בעסקי המסחר; הילד החולני הזה, כמו אמו, אוהב מוסיקה. פעם אחת, גנו נופל לידיו של מחברת משפחתית ישנה. הילד מוצא שם אילן יוחסין וכמעט מכני מצייר קו מתחת לשמו לאורך כל הדף. וכשאביו שואל אותו מה זה אומר, גנו מפטפט: "חשבתי שלא יהיה עוד משהו ..."
לאריקה יש בת, אליזבת. אולם חיי המשפחה של וינשנקוב לא נועדו להימשך זמן רב: הבמאי, עם זאת, לא עשה דבר שרוב עמיתיו לא עשו, הואשם בעבירה, נידון למאסר ונלקח מיד למעצר.
שנה לאחר מכן מתה אליזבת בודדנברוק הזקנה. מיד לאחר מותה נוצרים, שאינם מסוגלים להכות שורש באף חברה, שוכבים ומתלוננים כל העת על בריאותם, מצהירים על כוונתם להינשא לאלינה פופוגל, אדם בעל מעלה קלה מהמבורג. טום אוסר עליו בתוקף לעשות זאת.
אף אחד לא צריך בית גדול במנגסטרסה עכשיו והם מוכרים אותו. והרמן היינסטרום קונה את הבית, שעסקי המסחר שלו, בניגוד לעסקיו של יוהן בודדנברוק, הולכים ומשתפרים. תומאס מרגיש שהוא, עם הספקות והתשישות הבלתי פוסקים שלו, לא יוכל עוד להחזיר את ההוד המשפחתי לחברה המשפחתית שלו, ומקווה שבנו יעשה זאת. אבל אבוי! גאנו עדיין מראה רק ענווה ואדישות. אי הסכמות עם בנו, בריאות לקויה, חשד לבגידות אשתו - כל זה מוביל לאובדן כוח, מוסרי ופיזי כאחד. תומאס צופה את מותו.
בתחילת 1873 שוחרר וויינשנק בטרם עת. מבלי אפילו להופיע בפני קרובי משפחתו של אשתו, הוא עוזב ומודיע לאריק על החלטתו שלא להתחבר למשפחתו עד שיוכל להבטיח לה קיום הגון. אף אחד אחר לא ישמע עליו דבר.
ובינואר 1875 נפטר תומאס בודדנברוק. צוואתו האחרונה - עם חברת "יוהן בודדנברוק", בעלת היסטוריה של מאה שנה, חייבת להסתיים תוך שנה. החיסול מתרחש כל כך בחיפזון ובאופן לא ברור, שרק הפירורים נותרו בקרוב ממדינת בודדנברוקס. גרדה נאלצת למכור בית סנאטורי מפואר ולעבור לווילה כפרית. בנוסף, היא סופרת את אידה יונגמן, והיא עוזבת לקרובי משפחה. הנוצרים גם עוזבים את העיר - סוף סוף הוא יכול להתחתן עם אלינה פופוגל. ולמרות שטוני בודדנברוק לא מכיר באלינה כבן דודו, שום דבר לא יכול למנוע מהאחרון בקרוב להכניס את בעלה לבית חולים סגור ולהפיק את כל היתרונות של נישואים חוקיים, מה שמוביל את חייה הישנים.
כעת, המקום הראשון בחברת Marienkirche תופסת על ידי האגנשטראמס, וזה נושך את טוני בודדנברוק עמוק. עם זאת, היא מאמינה שעם הזמן יגנו יחזיר את שמות המשפחה לגדולה הקודמת.
גנו רק בן חמש עשרה כשהוא מת מטיפוס ...
חצי שנה לאחר מותו, גרדה עוזבת לאמסטרדם עם אביה, ואיתה שרידי בירת בודדנברוק ויוקרתם עוזבים סוף סוף את העיר. אבל טוני עם בתה, קלוטילדה, שלוש הגברות מבודנברוק עם ברייטנשטראסה וזזמי ויהברודט עדיין יתאחדו, תקראו מחברת משפחתית ותקוות… בתקווה בעקשנות לטוב.