הפעולה מתרחשת בתחילת המאה ה- XX (בשנים שקדמו לפרוץ מלחמת העולם הראשונה) בשוויץ, בבית הבראה לשחפת השוכן בסמוך לדאבוס. שמו של הרומן מעורר אסוציאציות עם הר גרזלברג (חטא, או הר הקסמים), שם, על פי האגדה, המיניזינגר טאנהאוסר שהה שבע שנים בשבי עם האלה ונוס.
גיבור הרומן, גרמני צעיר בשם הנס קסטורפ, מגיע מהמבורג לסנטוריום ברגוף לבקר את בן דודו יואכים צימסן שעובר שם טיפול. האנס קסטורפ מתכוון לבלות לא יותר משלושה שבועות בסנטוריום, אך בסוף התקופה שנקבעה הוא מרגיש לא טוב, מלווה בעליית הטמפרטורה. כתוצאה מבדיקה רפואית הוא מראה סימני שחפת, ובהתעקשותו של הרופא הראשי בארנס, האנס קסטורפ נשאר בסנטוריום לתקופה ארוכה יותר. מרגע ההגעה מגלה הנס קסטורפ שהזמן בהרים אינו זורם כלל כמו במישור, ולכן כמעט בלתי אפשרי לקבוע כמה ימים, שבועות, חודשים, שנים חלפו בין אירועים מתוארים אלה או אחרים וכמה זמן מכסה הרומן כולו. עם זאת בסוף הרומן נאמר כי הנס קסטורפ שהה בסך הכל שבע שנים בסנטוריום, אך אפילו נתון זה יכול להיחשב כמוסכמה אמנותית מסוימת.
למען האמת, העלילה והאירועים המתרחשים ברומן אינם חשובים לחלוטין להבנת משמעותו. הם רק סיבה לניגודיות בין עמדות החיים השונות של הדמויות ולתת לסופר את האפשרות להביע את פיהם בסוגיות רבות הנוגעות אליו: חיים, מוות ואהבה, מחלה ובריאות, התקדמות ושמרנות, גורלה של התרבות האנושית על סף המאה העשרים. מספר עשרות דמויות עוברות ברומן - בעיקר חולים, רופאים ואנשי סיעוד: מישהו מחלים ועוזב את ברגהוף, מישהו גוסס, אבל חדשים מגיעים כל הזמן במקומם.
בין אלה עימם נפגש האנס קסטורפ כבר בימים הראשונים לשהותו בסנטוריום, מוחזק מקום מיוחד על ידי מר לודוביקו ססטמבריני - צאצא הקרבונרי, בונה חופשי, הומניסט, תומך נלהב בהתקדמות. במקביל, כאיטלקי אמיתי, הוא שונא בלהט את אוסטריה-הונגריה. רעיונותיו הלא שגרתיים, לפעמים הפרדוקסלים, הבאים לידי ביטוי בצורה בהירה, לעתים קרובות קאוסטית, משפיעים מאוד על מוחו של אדם צעיר שמתחיל להעריץ את מר סתמבריני כמנטורו.
תפקיד חשוב בתולדות חייו של האנס קסטורפ מילא גם אהבתו לחולה הרוסי בסנטוריום מאדאם קלאודיה שושה - האהבה בה, מתוקף החינוך הקפדני שקיבל במשפחה קלוויניסטית, בהתחלה הוא התנגד בכל הכוח. חודשים רבים חולפים עד שהנס קסטורפ מדבר עם אהובתו - זה קורה במהלך הקרנבל ערב הלנט ויציאתו של קלאודיוס מהסנטוריום.
במהלך השהות בסנטוריום הנס קסטורפ נסחף ברצינות על ידי רעיונות פילוסופיים ומדעי טבע רבים. הוא משתתף בהרצאות בנושא פסיכואנליזה, הוא לומד ברצינות ספרות רפואית, הוא מתעניין בנושאים של חיים ומוות, הוא לומד מוזיקה מודרנית, משתמש למטרותיו בהישג האחרון של הטכנולוגיה - הקלטה וכו '. למעשה, הוא כבר לא חושב על חייו במישור, שוכח שהוא יחכה לעבודה שם, למעשה מפרק קשרים עם קרוביו המעטים ומתחיל לראות בחיים בסנטוריום את צורת הקיום היחידה.
אצל בן דודו יואכים המצב הפוך. הוא הכין את עצמו זמן רב וקשה לקריירה צבאית, ולכן מחשיב כל חודש נוסף שהוצא בהרים כמכשול מצער להתגשמות חלום חייו. בשלב מסוים הוא לא יכול לסבול את זה, ובלי לשים לב לאזהרות הרופאים, עוזב את בית הבראה, נכנס לשירות צבאי ומקבל דרגת קצין. עם זאת, מעט מאוד זמן עובר, ומחלתו מחמירה, ולכן הוא נאלץ לחזור להרים, אך הפעם הטיפול לא עוזר לו, והוא נפטר במהרה.
זמן קצר לפני כן דמות חדשה נופלת במעגל מכריו של האנס קסטורפ - הישועי נפטא, היריב הנצחי והבלתי משתנה של מר ססטמבריני. נפתא מביאה אידיאליזציה לעברה של ימי הביניים של אירופה, מגנה את עצם מושג ההתקדמות ואת כל התרבות הבורגנית המודרנית המגולמת בתפיסה זו. האנס קסטורפ נקלע לבלבול מסוים - כשהוא מקשיב למחלוקות הארוכות בין ססטמבריני לנפתא, הוא מסכים עם זה או אחר, ואז מוצא סתירות גם בזה וגם בזה, כך שהוא כבר לא יודע באיזה צד עומדת האמת. עם זאת, השפעתו של ססטמבריני על האנס קסטורפ כה גדולה, וחוסר האמון המולד של הישועים הוא כה גבוה עד שהוא עומד לגמרי בצד הראשון.
בינתיים, מאדאם שושה חזרה לסנטוריום לזמן מה, אך לא לבד, אלא מלווה בחברתה החדשה - ההולנדית העשירה פפרקורן. כמעט כל תושבי הסנטוריום של ברגהוף נמצאים תחת השפעה מגנטית של אישיות זו החזקה, המסתורית, אם כי קשורה בלשון-מעט, אישיות, והנס קסטורפ מרגיש איתו יחסים משפחתיים מכיוון שהם מאוחדים באהבה לאותה אישה. והחיים האלה מסתיימים בצורה טראגית. ברגע שפפרקורן החולה סופני מסתובב במפל, מבדר את חבריו בכל דרך, בערב הוא והנס קסטורפ שותים לברודרשפט ועוברים ל"אתה ", למרות הבדל הגילאים, ובלילה פפרקורן לוקח רעל ומת, עד מהרה מדאם שושה עוזבת את בית הבראה - ל הפעם, כנראה, לנצח.
מרגע מסוים בנפשם של תושבי בית ההבראה "ברגהוף" מתחילה להרגיש חרדה מסוימת. זה עולה בקנה אחד עם הגעתו של מטופל חדש - אלי ברנד הדני, שיש לו כמה יכולות על טבעיות, ובמיוחד מסוגל לקרוא מחשבות מרחוק ולגרום לרוחות. חולים מכורים לספיריאליזם, מקיימים מפגשים בהם מעורב הנס קסטורפ, על אף הלעג הקאוסטי וההתרעות של המנטור שלו ססטמבריני. זה אחרי ישיבות כאלה, ואולי כתוצאה ממועד הזמן המדוד שלהם בעבר בסנטוריום שמופר. חולים מסתכסכים, מדי פעם מתעוררים סכסוכים בהזדמנות הכי לא משמעותית.
במהלך אחת המחלוקות עם נפתא, טוען ססטמבריני שהוא משחית את הנעורים ברעיונותיו. התכתשות מובילה לעלבונות הדדיים, ואז לדו קרב. ססטמבריני מסרב לירות ואז נפטה יורה כדור בראשה.
ואז פרץ רעם של מלחמת עולם. תושבי בית הבראה מתחילים לחזור הביתה. הנס קסטורפ יוצא גם הוא אל המישור, שנפרד על ידי מר ססטמבריני כדי להילחם במקום בו הוא נמצא קרוב לדם, אם כי נראה כי מר ססטמברני עצמו תומך בצד אחר לחלוטין במלחמה זו.
בסצנת הסיום מתואר האנס קסטורפ רץ, זוחל, נופל, יחד עם אותם צעירים במעילי החורף שנפלו למטחנת הבשר של מלחמת העולם השנייה. הכותב לא מכוון במכוון דבר על גורלו הסופי של גיבורו - הסיפור אודותיו נגמר, והסופר לא התעניין בחייו כשלעצמו, אלא רק כרקע לסיפור. עם זאת, כפי שצוין בפסקה האחרונה, להנס קסטורפ יש מעט תקווה להישרדות.