אמריקאי צעיר עם השם המקראי ישמעאל (בראשית אומר על ישמעאל, בנו של אברהם: "הוא יהיה בין אנשים כמו חמור בר, ידיו על כולם והידיים של כולם עליו"), משועמם מהיותו על היבשה ומתקשה בכסף, הוא מקבל ההחלטה להפליג בספינת לווייתנים. במחצית הראשונה של המאה ה- XIX. נמל הלווייתנים האמריקני העתיק ביותר בננטוקט נמצא כבר רחוק מהמרכז הגדול ביותר בתעשייה זו. עם זאת, איזמאיל רואה בעיני עצמו חשיבות לעלות על ספינה בננטוקט. עצירה בדרך לשם בעיר נמל אחרת, שם לא יוצא מן הכלל לפגוש פראי שהחדש צוות של לוויתן באיים לא ידועים, שם תוכלו לראות דלפק מזווה העשוי מלסת לוויתן ענקית, שאפילו מטיף בכנסייה עולה לדוכן בסולם חבלים. - ישמעאל מקשיב לדרשה לוהטת על יונה הנביא, שקוע בלויתן, שניסה להימנע מהדרך שהקדיש לו אלוהים, ופגש במלון את הרפון פונצ'יק. הם הופכים לחברי חזה ומחליטים להיכנס יחד לספינה.
בננטוקט הם נשכרים על ידי הלווייתן של פקוד, ומתכוננים להיכנס למסע של שלוש שנים ברחבי העולם. כאן לומד ישמעאל כי סרן אחאב (אחאב במקרא הוא מלך ישראל הרשע, שהקים את פולחן בעל ורדף את הנביאים), שבראשו ייסע לים, במסעו האחרון, לאחר שנלחם עם לוויתן, איבד את רגלו ולא עזב מאז ממלנכוליה זועפת, ובאוניה, בדרך הביתה, הוא אפילו נשאר מחוץ למוחו במשך זמן מה. אבל איזמעיל עדיין לא מייחס חשיבות לחדשות האלה, או לאירועים מוזרים אחרים שגורמים לו לחשוב על איזה סוד שקשור לפקוד ולקברניטו. הוא רואה זר שהתחיל נבואות מעורפלות אך אימתניות על גורלו של לוויתן וכל הנרשמים בצוותו, הוא לוקח מטורף או רמאי. ודמויות אנושיות חשוכות, בלילה, בסתר, טיפסו על הפקוד ואז נראה שהתמוססו על הספינה, ישמעאל מוכן לראות זאת כדמות לדמיונו.
ימים ספורים בלבד לאחר ששט מננטאקט, עזב סרן אחאב את תא הנוסעים שלו והופיע על הסיפון. ישמעאל הוכה במראהו הקודר והכאב הפנימי הבלתי נמנע שהוטבע על פניו. חורים נקדחו מראש בלוחות הסיפון כך שאחאב יכול היה, על ידי חיזוק רגל עצם העשויה מלסת לוויתן זרע מלוטשת בהם, לשמור על שיווי משקל במהלך התנדנדות. תצפיתנים על התרנים הצטוו להשגיח בדריכות על לוויתן לבן בים. הקברניט סגר עד כאב, מחמיר אפילו יותר מהרגיל, מצריך חוסר עוררין וצייתנות מיידית, ומסרב בחריפות להסביר את נאומיו ומעשיו גם לעוזריו, שלעתים הם גורמים תדהמה. "נשמתו של אחאב", אומר ישמעאל, "התחבאה בחורף הקפוץ של סופת הזקנה שלו והסתתרה בתא המטען החלול של גופו ומצצה שם כף חשכה קודרת."
לראשונה, איזמאיל, שהלך לים על לוויתן, מתבונן בתכונותיו של ספינת דייג, על עבודתו ועל חייו עליו. הפרקים הקצרים המרכיבים את הספר כולו מכילים תיאורים של הכלים, הטכניקות והחוקים לציד לוויתן זרע וחילוץ זרע מראשו. פרקים אחרים, "קולנועיים" - החל מהספר שנשלח מראש באוסף התייחסויות לוויתנים במגוון רחב של ספרות ועד לביקורות מפורטות על זנב הלווייתן, מזרקה, שלד ולבסוף, לווייתנים מברונזה ואבן, אפילו לווייתנים בין הכוכבים - משלימים לאורך הרומן את הסיפור ואת להתמזג עם זה, לספר לאירועים מימד מטאפיזי חדש.
יום אחד, בהוראת אחאב, צוות פקודה אוסף.הכפילון האקוודורי הזהוב מסמר לתורן. הוא מיועד למי שהראשונים לשים לב בלוויתן הלבנוני, המפורסם בקרב הלווייתנים ולכינויו מובי דיק. לוויתן הזרע הזה, מבהיל בגודלו ובחמימותו, לובן וערמומיות יוצאת דופן, נושא נבלות רבות שכבר הופנו אליו, אך בכל המריבות עם אדם נותר מנצח, וההדחה המוחצת שאנשים קיבלו ממנה לימדה רבים לחשוב, שהמצוד אחריו מאיים על אסונות איומים. מובי דיק היה זה שמנע את אחאב מרגלו כאשר הקברניט, שמצא את עצמו בסוף מרדף בין הריסות סירת הלווייתנים שנשבר על ידי לוויתן, בהתקפה של שנאה עיוורת מיהר לעברו רק עם סכין אחת בידו. כעת מכריז אחאב כי בכוונתו לרדוף אחר הלוויתן הזה בכל הימים של שתי ההמיספרות, עד שהגוויתה הלבנה מתנדנדת בגלים ומשחררת את מזרקת הדם השחורה האחרונה שלה. לשווא, עוזרו הראשון של סטארבק, קוואקר קפדני, מתנגד לו כי נקמה ביצור נטול תבונה, המכה רק על ידי אינסטינקט עיוור, היא אי שפיות וחילול השם. בסך הכל, עונה אחאב, הם מחפשים דרך המסכה חסרת המשמעות את התכונות הלא ידועות של איזה עיקרון רציונלי; ואם אתה צריך לרסק - לרסק את המסכה הזו! לוויתן לבן שוחה באובססיביות מול עיניו כהתגלמות כל הרע. בהנאה ובזעם, המוליכים שולל את הפחד שלהם, המלחים מצטרפים לקללותיו מובי דיק. שלוש נבלות, הממלאות את קצותיהן של ההרפונים ברום, שותות למותו של לוויתן לבן. ורק צעיר הספינה, פיפ הכושי הקטן, מתפלל לאלוהים לישועה מאנשים אלה.
כאשר ה- Pecode נתקל לראשונה בלווייתני זרע וסירות הלווייתנים המתכוננות לשיגור, מופיעים לפתע חמישה רוחות רפאים כהות פנים בין המלחים. זהו צוות ספינת הלווייתנים של אחאב עצמו, מהגרים מכמה איים בדרום אסיה. מכיוון שבעלי פקודה, כשהאמינו שבמהלך הציד לא יכול היה להיות שום תחושה מהקברניט הרגליים, לא סיפקו חותרים לסירה משלו, הוא ליווה אותם לספינה בסתר ועדיין החביא אותם באחיזה. המנהיג שלהם הוא ה- Pars של פדאל מבשר רעות.
למרות שכל עיכוב במציאת מובי דיק כואב לאהאב, הוא לא יכול לנטוש לחלוטין את ציד הלווייתנים. מסתובב בכף התקווה הטובה וחוצה את האוקיאנוס ההודי, פקוד מצוד וממלא חביות זרע. אך הדבר הראשון שאחאב שואל כשנפגש עם כלי שיט אחרים הוא האם במקרה ראה לוויתן לבן. והתשובה היא לרוב סיפור על כך שבזכות מובי דיק, אחד הצוותים נפטר או הושחת. אפילו באמצע האוקיאנוס, אי אפשר להסתדר בלי נבואות: מלחים-מטורפים-חצי-מטורפים מספינה פגועה מגיפה מעלה פחד מגורלו של סוויאטוטיצקי שהעז להתמודד עם גלגול כעסו של אלוהים. לבסוף, הפקוד מתכנס עם הלווייתן הלועזי, שקברניטו, לאחר שכבש את מובי דיק, ספג פצע עמוק וכתוצאה מכך איבד את זרועו. אחאב ממהר לעלות אליו ולדבר עם אדם שגורלו כה דומה לגורלו. האנגלי אפילו לא חושב לנקום בלוויתן הזרע, אלא מדווח על הכיוון אליו הלווייתן הלבן הלך. שוב מנסה סטארבק לעצור את הקפטן שלו - ושוב לשווא. בהוראת אחאב, הנפח הנפח מזייף נבל עשוי פלדה קשה במיוחד, שהקשיחתו תורמת שלוש נבלות מדמם. פקוד הולך לאוקיאנוס השקט.
חברו של ישמעאל, הנבל Quiqueg, היה חולה קשה מלעבוד באחיזה רטובה, מרגיש שהמוות מתקרב ומבקש מהנגר להפוך אותו לארון מתים שאינו ניתן לשחיקה, בו יוכל לצאת לגלים אל ארכיפלגו הכוכבים. וכאשר פתאום מצבו משתנה לטובה, הוחלט לחתוך ולגרוס את הארון, שכבר לא היה נחוץ, להפוך אותו לציפה גדולה - מצוף הצלה. המצוף החדש, כביכול, מושעה בירכת הפקודה, ומפתיע רבות עם צורתו האופיינית לצוות המתקרב.
בלילה בסירת הלווייתנים, בסמוך לוויתן שנרצח, פדללה מודיעה בפני הקברניט כי הקבר הזה לא מיועד לארון קבורה ולא למתקן, אך שני שומעים חייבים לראות את אחאב בים לפני שהוא מת: האחד - שנבנה על ידי ידיים בלתי אנושיות, והשני, עשוי עץ, שגדל באמריקה; שרק קנבוס יכול לגרום למותו של אחאב, ואפילו בשעה האחרונה הזו פדלה עצמו ימשיך לפניו כטייס. הקברניט לא מאמין: מה הקנבוס, החבל? הוא זקן מדי, הוא כבר לא יכול לעלות על הגרדום.
כל הסימנים הברורים יותר להתקרבות למובי דיק. בסערה קשה מתלקחת האש של סנט אלמו בקצה הנבל שזויף לוויתן לבן. באותו לילה, סטארבק, בטוח כי אחאב מוביל את הספינה למוות קרב, עמד בפתח תא הבקברניט עם מוסקט בידיו ועדיין לא ביצע את הרצח, והעדיף להיכנע לגורל. הסערה הופכת את המצפנים, כעת הם מכוונים את הספינה למים אלה, אך אחאב שהבחין בכך בזמן מייצר חצים חדשים ממחטי השיט. סיילור מפרק את התורן ונעלם בגלים. הפקוד פוגש את רחל שרדפה אחרי מובי דיק רק יום לפני. רב החובל של "רחל" מתחנן לאחאב להצטרף לחיפוש אחר הסירה הלוויתנית, שהפסיד במהלך הציד אתמול, בו היה בנו בן ה -12, אך זוכה לסירוב חד. מעתה אחאב עצמו קם לתורן: הוא נמשך בסל ארוג מכבלים. אך ברגע שהוא מוצא את עצמו למעלה, נץ ים קורע את כובעו ונושא אותו אל הים. שוב הספינה - וגם עליה קבורים המלחים שנהרגו על ידי הלוויתן הלבן.
הדבולון המוזהב נאמן לאדוניו: דבשת לבנה מופיעה מהמים מול הקברניט עצמו. המרדף נמשך שלושה ימים, וסירות הלווייתנים מתקרבות לוויתן שלוש פעמים. לאחר שנשך את סירת הלווייתנים של אחאב לשניים, מובי דיק מעיף מעגלים סביב הקברניט שנזרק לצד, ולא מאפשר לסירות אחרות לבוא לעזרתו עד שפקוד המתקרב דוחף את לוויתן הזרע מהקורבן שלו. כשהוא בסירה אחאב שוב דורש את הנבל שלו - הלוויתן, לעומת זאת, כבר שוחה משם, ועליכם לחזור לספינה. מתחיל להחשיך ועל הנקודה הלווייתן איבד את ראייתו. כל הלילה הלווייתן עוקב אחר מובי דיק ומדביק שוב עם שחר. אבל לבלבל מבלבל את הקו מההרפסונים שפקחו אותו, שני סירות לווייתנים אחד נגד השני, ואהאב תוקף את הסירה, צולל ומכה מתחת למים בתחתית. הספינה מרימה אנשים במצוקה, ובמולת ההמולה לא הורגש מייד שלא היו ביניהם פארס. לאחר שזכר את הבטחתו, אחאב לא יכול להסתיר את הפחד, אלא ממשיך ברדיפה. כל מה שקורה כאן הוא מסקנה מראש, הוא אומר.
ביום השלישי, הסירות, מוקפות בלהקות כרישים, ממהרות שוב אל המזרקה הנראית באופק, נץ ים מופיע שוב מעל פקודו - כעת הוא נושא דבורה קרועה בציפורניו; מלח נשלח לתורן כדי להחליף אותו. זועמים מהכאב שנגרם לו מהפצעים שהתקבלו בערב, הלווייתן מיהר מייד אל סירות הלווייתנים ורק סירת הקברניט, שבין חותריה כיום היא איזמאיל, נותרת על פני המים. וכשהסירה פונה הצידה, נראה שהחתרים הם הגווייה הקרועה של פדלה, שנדפקה לאחורי צינורו של מובי דיק עטוף פלג גוף עליון ענק. זהו הארז הראשון. מובי דיק לא מחפש פגישה עם אחאב, הוא עדיין מנסה לעזוב, אך סירת הלווייתן של הקברניט לא מפגרת מאחור. ואז, ופנה לפגוש את הפקודה, שכבר העלה אנשים מהמים, ונחשף את מקור כל רדיפותיו, לוויתן הזרע מייבש את הספינה. לאחר שקיבלו חור, הפקוד מתחיל לצלול, ואהאב, המתבונן מהסירה, מבין שיש לפניו ארון שני. כבר לא להינצל. הוא שולח את הנבל האחרון לוויתן. קנבוס קופץ, זורק פוע מהטרטון החריף של לוויתן שחור, עוטף את אחאב ומוביל אותו לתהום. סירת הלווייתנים עם כל החותרים נופלת למשפך ענק במקום הספינה השקועה כבר, בה כל מה שהיה פעם ה- Pecode מוסתר לשבב האחרון.אך כאשר הגלים כבר נסגרים מעל ראשו של הספן העומד על התורן, ידו מתרוממת ועדיין מחזקת את הדגל. וזה הדבר האחרון שנראה מעל המים.
ישמעאל, שנפל מהסירה הלווייתנית ונשאר מאחורי הירכתיים, נגרר גם למשפך, אך כשהוא מגיע אליו הוא כבר הופך למערבולת קצפת חלקה, ממעמקיה מתפרץ פתאום מצוף הצלה אל פני השטח - הארון. על ארון הקבורה הזה, שלא נגע בכרישים, ישמעאל נשאר על הים הפתוח יום אחד עד שספינה מוזרה מרימה אותו: זו הייתה רחל בלתי ניתנת להתנחלות, שנדדה בחיפוש אחר ילדיה הנעדרים, מצאה רק יתומה אחת נוספת.
"ואני לבדי ניצלתי, להכריז לך ..."
