בביתו של איוואן פטרוביץ 'שויסקי, בנוכחות אנשי דת רבים וכמה נערים, הם מחליטים להתגרש מ פיודור יואנוביץ' עם הצארנה, אחותו של גודונובה, שבזכותה, לכל הדעות, בוריס נשמר. הם מרכיבים עיתון, שם, בזכרם את העקרות של המלכה ובינקותה של דמטריוס, הם מבקשים מהמלך להתחתן בנישואים חדשים. גולובין רומז לשויסקי על האפשרות להכניס את דמטריוס במקומו של פדור, אך מקבל דחייה קשה. הנסיכה מסטיסלבסקאיה סוחבת את האורחים, שותה את בריאותו של פדור. שוחובסקי, חתן מסטיסלבסקאיה, השדכן וולוחוב מכנה את מקום הישיבה הסודית. איוואן פטרוביץ 'שולח עתירה למטרופוליטן, כשהוא מקונן על הצורך בהשמדת המלכה. פדיוק שטרקוב, שר המשרתים שלו, מדווח על מה שגודונוב ראה. לאחר שקיבל מאוגליך מידע על מערכת היחסים של גולובין עם נגימי ורואה איום על כוחו, הוא מודיע לתומכיו, לופ-קלשנין והנסיך טורנין, על ההחלטה להתפייס עם שויסקי. פיודור מגיע ומתלונן על סוס מכוס. מופיעה המלכה אירינה, שעליה מדווח פדור בשובבות על היופי מסטיסלבסקאיה, שאותו ראה בכנסייה, ומיד מבטיחה למלכה שהיא יותר יפה עבורו מכולם. גודונוב מדבר על רצון להשלים עם שויסקי, והצאר משמח את העניין בשמחה.

פדור מכריז על כוונתו לפשר בין גודונוב עם שויסקי ומבקש עזרה ממטרופוליטן דיוניסיוס ואנשי כמורה אחרים. דיוניסיוס מאשים את גודונוב בדיכוי הכנסייה, מקל על כופרים וחידוש גביית המסים ממנו שוחררה הכנסייה. גודונוב מציג בפניו מכתבי הגנה ודיווחים על רדיפת הכפירה שבוצעה. המלך מבקש תמיכה מאירינה והנערים. מלווה בהתלהבות עממית, בא איוון פטרוביץ 'שויסקי. פדור נוזף בו שהוא לא מבקר בדומא, שויסקי נרתע בגלל חוסר האפשרות להעניק הסכמה לגודונוב. פיודור, זוכר את הכתובים וקורא לאנשי כמורה לעדים, מדבר על היתרונות של הפיוס, וגודונוב, הציית לו, מציע את הסכמתו של שויסקי. שויסקי נוזף בתוכו על כך שלא רצה לשתף בממשל המדינה, שג'ון הוריש לחמישה ילדות: זכרין (נפטר), מסטיסלבסקי (שוחק בכוח), בלסקי (הוגלה), גודונוב ושויסקי. גודונוב, המצדיק את עצמו, מדבר על יהירותו של שויסקי, שהוא השתמש בכוח הבלעדי לטובת רוסיה, מה שמוכח גם על ידי; הוא מוסיף כי המשימה הקשה לסדר מדינה מתוסכלת הייתה פשוט שויסקי. וכשאיבן פטרוביץ 'מתקשר לתומך מטרופוליטן, הוא מדווח על מעשיו של גודונוב לטובת הכנסייה ומשכנע את שויסקי לשלום. אירינה, מראה את הכיסוי הרקום שלה לקבר קדוש פסקוב, מודה שזו נדר התפילה שלה להצלתו של שויסקי, שנצרה בעבר על ידי ליטאים בפסקוב. שויסקי נרגש מוכן לשכוח את האיבה הישנה, ​​אך דורש מגודונוב ערבויות ביטחון למקורביו. גודונוב נשבע ונושק לצלב. הם מזמינים את הנבחרים מהקהל שהביא שויסקי. פיודור מדבר עם הזקן ולא יודע לעצור אותו, באחיינו הוא מזהה את הסוחר קרסילניקוב, שהיה משעשע אותו לאחרונה במאבק דובים, נזכר באחיו גולוב, שהביס את שוחובסקי באגידות - גודונוב ושויסקי לא הצליחו מייד להחזיר את הצאר למה שנקראו אלקטורים. . שויסקי מכריז על פיוס עם גודונוב, הסוחרים מודאגים ("אתה מיישר את הראש שלנו"), שויסקי מתעצבן בגלל חוסר האמון שלו כלפי האדם שזה עתה נשבע על הצלב. סוחרים מבקשים הגנה מגודונוב המלך, אך הוא שולח אותם לבוריס. בוריס מצווה בשקט לרשום את שמות הסוחרים.

בלילה בגן של הנסיכה שויסקי מסטיסלבסקאיה ווסיליסה וולוחובה מחכות לשכובסקי. הוא בא, מדבר על אהבה, על חוסר הסבלנות שאליו מצפה החתונה, צוחק אותה ומתבדח אתה. קרסילניקוב מגיע בריצה, מכניס פנימה, שוחובסקי מסתתר, קורא לאיבן פטרוביץ 'ומדווח כי כל מי שהיה עם הצאר נלכד בהוראתו של גודונוב. שויסקי המום מורה למוסקבה לעלות לגודונוב. הוא רמז לדימיטרי גולובין שבאחת מתנתק, ואמר כי בוריס הוליך את עצמו לרמאות, הוא ניגש לצאר. הנותרים הנותרים, בינתיים, דנים בעתירה ומחפשים מלכה חדשה. וסילי שויסקי מתקשר לנסיכה מסטיסלבסקאיה. אחיה לא החליט מיד, ורצה למצוא לפחות סיבה למריבה עם שחובסקי. בזמן שהוא מהסס, גולובין כותב את שמה של הנסיכה לעתירה. שחובסקאיה מופיעה ומכריזה שהיא לא תוותר על הכלה. הנסיכה וולוקהובה נמצאות גם כן. בזעקה כללית, איומים והוכחות הדדיות, שוחובסקאיה תופס מכתב ובורח. גודונוב מגיש למסמכי המדינה של הצאר, את תוכנם הוא לא נכנס, אך מסכים עם החלטות בוריס. צארינה אירינה מדברת על מכתב מאוגליך ממלכת הדאוגר עם בקשה לחזור עם דימיטרי למוסקבה. פיודור הפקיד את התיק בפני בוריס, אולם אירינה דרשה ממנו את פיתרון "הפרשה המשפחתית"; פדור מתווכח עם בוריס ומתעצבן מהעקשנות שלו. שויסקי בא ומתלונן על גודונוב. הוא לא נפתח, מסביר שהסוחרים לא נלקחו לעבר, אלא בגלל שניסה להרגיז את העולם בינו לבין שויסקי. הצאר מוכן לסלוח לגודונוב, מתוך אמונה שהם פשוט לא הבינו אחד את השני, אך הדרישה הבלתי נלאית לעזוב את הנסיך באוגליך כועסת סוף סוף על הצאר. גודונוב אומר שהוא מפנה את מקומו לשויסקי, פדור מתחנן שיישאר, שויסקי, שנפצע מהתנהגות הצאר, עוזב. קלשנין מביא את מכתבו של גולובין נגים שנשלח מאוגליך, גודונוב מראה את זה לצאר, בדרישה להעביר את שויסקי למעצר וייתכן שהוא מוצא להורג. במקרה של כישלון, הוא מאיים לעזוב. פדור המום לאחר היסוס ממושך מסרב לשירותיו של גודונוב.

איוון פטרוביץ 'שויסקי מנחם את הנסיכה מסטיסלבסקאיה: הוא לא יאפשר לה להתחתן עם הצאר ומקווה ששחובסקאיה לא תודיע להם. כשהוא נשלח לנסיכה, הוא מקבל את הנערים ואת הנמלים קרסילניקוב ואת היונה, ובהנחה שהוצאתו של פדור העניים וההכנסה של דמטריוס מגדירה את המשימות של כולם. גודונוב המנוכר, שישב בבית, שואל את קלשנין על וולוחובה וחוזר על עצמו פעמים רבות, "כדי שתזיין את הנסיך". קלשנין שולח את וולוכוב לאוגליץ 'אם טרייה, מצווה עליו להיות מוגן, ורומז שאם הנסיך הסובל מרופד יהרוג את עצמו, הם לא ישאלו אותה. בינתיים פדור לא מצליח להבין את המסמכים שהוצגו בפניו. קלשנין מגיע ומדווח כי בוריס חלה בתסכול, ויש צורך לכלוא את שויסקי מיד על כוונתו להעלות את דמטריוס לכס המלוכה. פדור לא מאמין. שויסקי נכנס, אליו פדור מדבר על הוקעה ומבקש ממנו להצדיק את עצמו. הנסיך מסרב, מתעקש המלך, קלשנין דוחף. שויסקי מתוודה על מרד. פיודור, מבוהל כי גודונוב יעניש את שויסקי בגין בגידה, מכריז שהוא עצמו הורה להניח את הנסיך על כס המלוכה, ומכריח את שויסקי המום מהחדר. שחובסקאיה מתפרצת לתאי המלוכה ומבקשת להחזיר אליו את הכלה. פדור, לאחר שראה את חתימתו של איוון פטרוביץ 'שויסקי, בוכה ולא מקשיב לטיעוניה של אירינה על האבסורד של העיתון. כשהוא מגן על אירינה מפני עלבונות, הוא חותם על הוראתו של בוריסוב, ומבהיל גם אותה וגם את שוחובסקי. על הגשר מעל הנהר הזקן מפרע את האנשים בשואיסקי, ההוסר שר על גבורתו. שליח רוכב עם הידיעה על התקדמות הטטרים. הנסיך טורנין עם קשתים מוביל את שויסקי לכלא. האנשים, שמונע על ידי הזקן, רוצים לשחרר את שויסקי, אך הוא מדבר על אשמתו בפני המלך "הקדוש" וכי הם ראויים לעונש.

קלשנין מדווח לגודונוב כי השויסקי ותומכיהם כלואים ומציג את וסילי איבנוביץ שויסקי. הוא הופך את העניין כאילו החל עתירה לטובת גודונוב. מתוך הבנתו של שויסקי בידיו, גודונוב מרשה לו ללכת. צארינה אירינה באה להתערב עבור איוון פטרוביץ '. גודונוב, מבין כי שויסקי לא יפסיק להתווכח איתו, שולט. בכיכר שלפני הקתדרלה, קבצנים מדברים על שינוי במטרופולין שמעורר התנגדות בפני גודונוב, על הוצאתם להורג של סוחרים שעמדו מאחורי שויסקי. צארינה אירינה מובילה את מסטיסלבסקאיה לבקש את שויסקי. פדור יוצא מהקתדרלה, לאחר ששירת רקוויאם לצאר איוון. הנסיכה ממהרת לרגליו. פדור שולח את הנסיך טורנין לשויסקי. אך טורנין מדווח כי שויסקי חנק את עצמו בלילה, מאשים את עצמו בכך שהוא משקיף (כי הוא הכה את הקהל שהובא לכלא על ידי שוכובסקי, והכה רק כשירה בשכובסקי). פדור ממהר לעבר טורנין, מאשים אותו בהריגתו של שויסקי, ומאיים עליו להורג. השליח מביא מכתב מאוליץ 'על מותו של הנסיך. המלך המום רוצה לברר את האמת בעצמו. מגיעה הודעה על גישתו של החאן ומצור מוקדם על מוסקבה. גודונוב מציע לשלוח את קלשנין ואת וסילי שויסקי, ופדור בטוח בביטחונו של גודונוב. הנסיכה מסטיסלבסקאיה אומרת שהיא מתכוונת להסתפר. בעצת אשתו, פדור יעביר את כל נטל השלטון לבוריס, וזוכר את כוונתו "להסכים על הכל, להחליק את הכל", מבכה את גורלו ואת חובתו המלכותית.